| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,155,293 | 0 | A | G | 32.7% | 105.2 / 12.0 | 55 | I572T (ATC→ACC) | fhuE | ferric‑rhodotorulic acid/ferric‑coprogen receptor FhuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/31); new base G (18/0); total (24/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.34e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCC‑GATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACC‑GGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGTT > NZ_CP009273/1155053‑1155540 | acacCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTa < 2:166681/249‑1 (MQ=255) caccGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTTGCCGTTGCTTGCGGGGGTAGGTGTACCggg > 2:387356/1‑249 (MQ=255) cgccgACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGa < 1:359659/250‑1 (MQ=255) gACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGa < 1:703154/250‑1 (MQ=255) aaCTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTTCCCGTTTGTGCCTGGGGTAGGGGTACCGGGGGGATGA‑GGGGCAt > 2:26482/1‑250 (MQ=255) cATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGGTGCTGCCGGGGGTAGGGGGACCGGTGGGCTGA‑GCGACATTATCCTGc > 2:656933/1‑250 (MQ=255) cAGGCAATCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTTACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTTCTCAAt < 2:410406/250‑1 (MQ=255) cAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACgg < 1:514242/250‑1 (MQ=255) aaCCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGa < 1:8011/250‑1 (MQ=255) aCCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGaa < 1:323385/250‑1 (MQ=255) gCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGc < 2:651618/249‑1 (MQ=255) gggTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGACAGCTGCCAGTTGTAGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTAGTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCTGCGGCGGCGGCGCGGGTATGTGGACCTGTGGACGGAGGGGGCGTTATCCTG‑TCAACACGGaaaggagggtg > 2:540613/2‑241 (MQ=255) tGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACgt < 2:246405/250‑1 (MQ=255) tGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACgt < 2:418646/250‑1 (MQ=255) cATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTTCTGCCGGGGATAGGGGTACCGGTGGGCTGT‑GCGGCATTATTCTGCTCCACACGGGAGATGGCTAACgtgggg > 2:45583/1‑248 (MQ=255) aTTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTTGCCGGTGCTGGCGGGGGTAGGGGTACCGGTGGGCTGA‑GCGACCTTTTCCTGCTCAATACGGGAGATGGCTAACGtggggg > 1:492534/1‑250 (MQ=255) ttttAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTTGCCGTTTCTGCCGGGGGGAGGTGTACCGGGGGGCTGA‑GCGGCATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGtgggggg > 1:293742/1‑249 (MQ=255) ccGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACg < 1:21292/250‑1 (MQ=255) tgCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTAtt < 1:343274/250‑1 (MQ=255) cGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCa < 2:165955/250‑1 (MQ=255) gCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCa < 1:344990/250‑1 (MQ=255) aGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCCTTTCTGCCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTTTCCTGCTCAATACGGAAGATGGGTAAAGTGGGGGGCAGACGGGCCTTCATCCAGt > 2:311081/1‑250 (MQ=255) ttAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGGTTCGTCGTTGGGGCCGGGGGGAGGGGGACCGGGGGGCTGG‑GGGACCGTTTCCTGCTCAATACGGAAGGGGGGGAAAGGGGGGGGCAGACGGGTATTTATcccatgcg > 2:714263/1‑244 (MQ=255) aCGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCC‑GATTTCAGa < 2:465798/249‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTTGCCGTTGCTGGCGGGGGTAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACACTATCCTGCTCAATACGGGAGATGGCTCACGGGGTGGTGAGACGGCGCTTTAACCAGTCC‑CAttttctacc > 2:292937/1‑244 (MQ=255) cGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCC‑GATTTCAGAcc < 1:134172/250‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGGTTTGCCGTTTCTGCCGGGGGTTGGGGTACCGGTGGACGGA‑GGGACATTTTCTTGCTCAATTCGGAAGATGGGCAACGTGGGGGTCAGACGGCTATTTCTCTCGTCC‑GCTTTCTGAcc > 2:414209/1‑250 (MQ=255) gTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCCGGGGGCTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGGAGATGGGTAACGGGGGGGGCAGGCGGCTTTTCATCCCGTCC‑GATTTCAGACCCCGc > 1:441050/1‑250 (MQ=255) 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aaTATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCC‑GATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACC‑GGTGAtt < 1:670960/250‑1 (MQ=255) aaTATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGACGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGAATCGCCGTTCTTGCCGGAGACAGAGGTACCGGGGGGGTGACACGA‑ATTCACTTGTCCAAATCGGAGGAGGGCTAGCGCGGGGGGCACCAGGCTATACCTCCACTAC‑GAGTTTAGCCAAAGCGCGTAGTTGTTCAC‑GGTgctg > 2:436080/1‑247 (MQ=255) taGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCGACCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGA‑GCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCC‑GATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACC‑GGTGATTGGAg < 2:695986/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |