| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,560,495 | 0 | C | T | 34.7% | 118.9 / 23.1 | 72 | T301T (ACG→ACA) | dosC | diguanylate cyclase DosC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/40); new base T (25/0); total (32/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTCAAAACAATGATAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGT > NZ_CP009273/1560249‑1560733 | aGTCAAAACAATGATAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGt < 1:425619/249‑1 (MQ=255) aaCAATGATAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGCTAAGTAATTTTGTCatgaca > 2:295210/1‑245 (MQ=255) aaTGATAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTCAAGTAATTTTGttcgcacctca > 2:296923/1‑240 (MQ=255) aTAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATAc < 1:121950/250‑1 (MQ=255) aaaTTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGGCTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCg < 2:349268/250‑1 (MQ=255) ttCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACt < 2:63477/250‑1 (MQ=255) ccccGTAGCGGAAAACATAATCGCTACTGCGGACGATGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCACACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGtcg < 2:271159/250‑1 (MQ=255) aaaaCATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGGTAAATAATTTCTTCAGTAAATCCCTACCGACTTCCTGGCGCGAGActtttt > 2:68316/1‑250 (MQ=255) aaCATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCa < 1:133380/250‑1 (MQ=255) tactGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAAATTTGTTAGTACAACCATAACGACCTCGTGGGGCGGTACTTTTTTAAACAAATTACg > 2:234962/1‑250 (MQ=255) cGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACgc‑ag < 1:478531/248‑1 (MQ=255) aCGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGGTTAATAAATTTGTCAGTACATCCATACCGCCTTCGGGGGGCGGTAATTCTTTAAAAAAATAACAC‑AA‑CAAgg > 2:288894/1‑250 (MQ=255) tCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGtaata < 1:159933/249‑1 (MQ=255) cTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGTAATTTTGTCCGTACATCCATACCCACTTCGTGGCGCGGTACTTCTTCAAACACATTACTC‑CG‑CAAGGCAATAATTTTTGATAct > 2:697179/1‑249 (MQ=255) cTGAGAGAATTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGACACGGCGGCTTAGTAATTTCGTCGATAAATCCATATCGACATCGTGGGGGCGTACTTTTTAAAACAACTCACAC‑AC‑CAAGAGaataatatttgaaacg > 2:683991/1‑240 (MQ=255) tGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTTGTTCGTACATACATACCGACTTCGTGGGGCGATTATTTTTCTAAAAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTTCGATAcag > 2:148805/1‑248 (MQ=255) agagaCTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGTAATTTTGTTAGGACATCCATAACGACTTCGGGGCGCGATAATTTTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGGAATAAttttggaaaaggta > 1:711151/1‑239 (MQ=255) agaCTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TAtt < 1:446013/250‑1 (MQ=255) tttACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGTAATTTTTTCAGTAACTCCCTACCGACTTCGGGGCGCGGAACTTCTTCTAAACATTACCGA‑CG‑CAATGTAATAATTTTTGATACCG‑TAtttttt > 2:24325/1‑250 (MQ=255) aGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGta < 1:492362/250‑1 (MQ=255) gAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTTGTCCGTACATCCATAACGACTTCGTGGGGCGATACTTTTTCCAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGGAAAAATTTGCGATACGG‑TATTTTTTATTTGtt > 1:740760/1‑248 (MQ=255) gAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCAGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGtaa < 2:30320/250‑1 (MQ=255) aaTTTCATCACCAGAGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGtaat < 1:424424/250‑1 (MQ=255) atcaCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATaaaaa < 2:102080/249‑1 (MQ=255) aCCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTc < 1:389080/250‑1 (MQ=255) ccAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTTGTTCGGACATCCAAAACGACCTTGTTGGGCGATACTTCTTTAAACAATTTACCC‑AG‑CAAGGGTAAAATTTTCGGTACGG‑GTTTTCTTTTCTGTAATAAAAAattta > 1:147428/1‑248 (MQ=255) gtgtTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAAATTTGTCAGTAAAACCATACCGACTTTGTGGCGCGATACTTCTTCAAAAAAATTACGC‑AG‑CAAGGGAATAATTTTCGATACGG‑GATTTTTTATCTGTAATAAAAAATTTAccc > 1:342255/1‑250 (MQ=255) ttATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCa < 1:595086/250‑1 (MQ=255) gTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGTAATTTTGTCAGTACATCCATACCAACTTCGTGGCGCGATAATTCTTCCAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGGAATAATTTTCGATACGG‑GATTTTTTTTCTTTAATAAAAATTTTACCCCCCGACTTTTGtttt > 1:118135/1‑248 (MQ=255) tCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACAGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTc < 2:18352/249‑1 (MQ=255) ctctTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTTGTCTGGACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATAATTCTTTAAACAATTTACCCAAG‑CAGGGT‑ATAATTTGTGATCACG‑TATTTTTTATTTTTTATAAAAATTTTATCCACAGACCTCTCTTTTTTCAATTTCTg > 2:580178/1‑250 (MQ=255) tttGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTg < 1:286992/247‑1 (MQ=255) tttGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTg < 2:212381/247‑1 (MQ=255) tttGAAGTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTc < 1:526078/245‑1 (MQ=255) tGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAAATTTGTTAGTACATCCATACCCACTTCGTGGCGCGGGACTTTTTTCAACAAATTACGC‑AG‑CAAGGGAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTTATAAAAATTTTACCCCCCGACTTCTGTTTTTTAAATTTTTGGTGtt > 2:11036/1‑250 (MQ=255) tGAATTTATCAACGTCAAGAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATTCTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGgtg < 1:743336/248‑1 (MQ=255) aTCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGATAAAAAATTTCGTAAGTATCTCCATCCCGACTTCCTGGCGCGGTAATTTTTCAAACAATTCACTC‑AG‑CAAGGTAATAATTTTCGATACGG‑TATTTCTTATCTTTTATAAAAAATTCTACCGCAGCATTCTGTTATTTTAATTTTTTGTGTTATGGATg > 2:414039/1‑250 (MQ=255) aaCGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGTAAATTTGTCCGGACATACACCCCGACTTCCTGGCGCGGTAATTCTTCAAACAATTAACGC‑AG‑CAAGGGAATAATTTTCGATATGG‑GTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAATTTTCACACAGAAATATTTTTTTTCAATTTTTTGTGTTATCCATGGtt > 2:337864/1‑250 (MQ=255) aGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAAGAATTTTTTCAGTACATCCATAACGACCTCGTGGCGGGGAAATTTTTTAAACAAATCACCC‑AGAAAAGGACAAAATTTG‑TATATGGTTATTCTTTTTTTTTAATAAAAATTTAACCCCACGACTTTTG‑TATTTAAATTTTTTGTGTTTCGTATGTGTTGATTTAAAAtta > 2:409908/1‑248 (MQ=255) cTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAATAAATTTGTCAGTACATTCAAACACAAATCGGGGGGCGATAATTCTTTCAAAAAATCACCC‑AG‑CAAGGGAAAAATTTTGGAAACGG‑GATTTCTTTTTTTTAATAAAAATTTCACCCGCACACTTCTTTTATTCAAATTTCTGGTGTTATGCATGGGTTGTTTGAAAATACAGTc > 2:437948/1‑250 (MQ=255) aGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAAt < 1:295210/250‑1 (MQ=255) gCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATc < 2:211829/250‑1 (MQ=255) gCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGATTTGATTGAAAATACCGTCGAAATc < 2:355509/250‑1 (MQ=255) tACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAAt < 2:140751/250‑1 (MQ=255) ggtccggtTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGa < 1:296923/250‑1 (MQ=255) ggtTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGga < 1:589744/250‑1 (MQ=255) ggtTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGga < 1:476382/250‑1 (MQ=255) ttGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGGTAAGTAATTTTGTCAGTACAACCATACCGACTTCGTGGCGCGGGACTTCTTTAAAAAAATCACGC‑AG‑CAAGGGAATAAATTGCGATACGG‑GTTTTCTTTTATGTAATAAAAATTTCAACCCCCGACATCTGTTGTTTTAATTTCTTGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATAACGTCTAGATCCTGCAACAGAAGGgagg > 2:73253/1‑249 (MQ=255) gCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGatat < 1:50914/250‑1 (MQ=255) aTGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTTGTCAGTACATCCATAACGACTTCGTGGCGCGATACTTTTTTAAACAAATTACGC‑AG‑CAAGGGAATAATTTGCGATAAGG‑GATTTCTTTTCTGTAATAAAAATTTCAACCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTTTGGTGTTACGCATGGGTTGGTTTAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGAAGGGGGATATgg > 1:42864/1‑250 (MQ=255) gCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGGAAATTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGGTACTTCTTCAAACAAATCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTa > 1:717806/1‑250 (MQ=255) gCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAATTATTTTGTTAGTAAAACCATACCGACTTCGTGGGGCGGTAATTCTTTAAACAATTCACGC‑AA‑CAAGGGAATAATTTTCGATACGG‑GATTTTTTTTCTTTAATAAAAAATTTACCCCCCAACTTCTTTTTTTTTAATTTTTTGTGTTTTGCCTTGTTTGATTTGAAATAACGTTGTAATCCTTAATTAGAAGGGAGatattggctt > 2:163405/1‑244 (MQ=255) aTTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACtt < 2:495999/250‑1 (MQ=255) gcgTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGAAAATTTGTCTGTACATCCATACCGACCTCGTGGGGCGGTACTTCTTTAAACAAATCACCC‑AG‑CAAGGGAATAAATTTCGGTACGG‑TATTTTTTTTCTTTAATAAAAAATTTAACCCCAGACTTTTGTTTTTTAAATTTTTTGGGTTTCGCATGGTTTGCTTGAAAATATCGTCCAAATACTGAATCAGACGGGGGATATGGGCCACTTCggg > 2:626732/1‑248 (MQ=255) gcgTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAATAATTTTTCCAGTAAAACCATACCCCATTCCTTGGGCGATACTTCTTTTAACAATTTACGC‑AG‑CAAGGTAATAAATTGCGATACGG‑AATTTCTTTTCTGTAATAAAAATATCAACCTCACACCTCTGTTATTCAAATTTTTGGTGGTTCACATGGTTTGAATGAAAATAACGTCTAAATACTGAAACAAACGGGCGCTTTTGCCTACTTCggg > 1:635926/1‑248 (MQ=255) gTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTTAGGAATTTTTTTAGTAAATCCATAACGACTTAGTGGCGCGGGACTTCTTTAAACAATTTACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGTTAAGG‑GTTTTTTTATTTGTTATAAAAATTTCACCCTCAGACTTCTGTTTTTTTAATTTTTTGTGTTAAGCCTGGTTTTATTGAAAATAACATCGAAATTCTGAATTAGACGGGAGAAATGGCTTACTTCTGCaa > 2:310065/1‑249 (MQ=255) gTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAAt < 1:201902/250‑1 (MQ=255) gTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAAt < 1:237263/250‑1 (MQ=255) tttGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAATAAATTTTTCAGTACAACCATAACGACTTCGGGGGGCGGTAATTCTTTAAACAATTTACCC‑AG‑CAAAGGAATAATTTTCGATAAGG‑TATTTTTTTTTTGTAATAAAAATTTTACCCGCAGACTTCTGTTATTCTAATTTTTTGTGGTATGCCTGGTTTTATTTAAAATACCGTCGAAATTCTTGATCAAACGGGGGATATTGGCTAATTCCGCCATa > 2:230908/1‑250 (MQ=255) tAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTaaa < 1:37745/250‑1 (MQ=255) tCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAaata < 1:441768/250‑1 (MQ=255) ggTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAaataa < 1:335787/249‑1 (MQ=255) ggAAACGGCGGTTAAGTAAATTTGTCAGTACATCCATACCGACTTCGGGGCGCGAAACTTTTTCAAACAATTTACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTTCGATACGG‑TATTTTTTTTCTTTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTTTTTAAATTTCTTGTGTTAAGCATGGTTTGTTTTAAAATACCGTCGAAATTCTGAATCAAACGGGAGATATGGCCTACTTTGGCCATACCACTAAAAAAATGTc > 2:57897/1‑249 (MQ=255) aaaCGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGAc > 2:544004/1‑250 (MQ=255) aaaCGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAAGAATGTCGAc < 2:571597/250‑1 (MQ=255) cggcggTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCtt < 2:94535/250‑1 (MQ=255) ggcggTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCttt < 1:30907/250‑1 (MQ=255) ggcggTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCttt < 2:128502/250‑1 (MQ=255) ggTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTAt > 1:588738/1‑138 (MQ=255) ggTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATg > 2:293226/1‑250 (MQ=255) gTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTAtt < 2:588738/138‑1 (MQ=255) ttAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGt < 2:541997/250‑1 (MQ=255) | AGTCAAAACAATGATAAATTCATCGCCCCCGTAGCGGAAAACATAATCACTACTGCGGACGTTGTCATAAAAGGCCTGAGAGACTTTACGCAGAATTTCATCACCAGTGTTATGGCCCCACGTATCGTTGATCTCTTTGAATTTATCAACGTCAATAATCAGCACTGACAGCGGTGTACCGGTCCGGTTGGCATGGGCAATTTCGCGTTTGAAGATAGTCGGTAGGAAACGGCGGTTAAGTAATTTCGTCAGTACATCCATACCGACTTCGTGGCGCGATACTTCTTCAAACAATTCACGC‑AG‑CAAGGTAATAATTTGCGATACGG‑TATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGT > NZ_CP009273/1560249‑1560733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |