Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,221,754 | 0 | T | C | 50.0% | 31.4 / 15.3 | 42 | pseudogene (484/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/8); new base C (6/15); total (19/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCC > NZ_CP009273/2221515‑2222002 | tGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGAt < 1:625011/249‑1 (MQ=255) tCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGatat < 1:649913/250‑1 (MQ=255) gTTTCCACGCCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCga < 1:704603/250‑1 (MQ=255) ccACACCTTCAACGGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGTTCACGGTAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAC‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTGCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑At < 2:540503/249‑1 (MQ=255) cacaCCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTT‑GCTCGCGGTCCGCCGCCCGT‑GCTTTTACCGTACCCAGG‑CGGGCC‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTTCCCCGATATCggg‑aggt > 1:613779/1‑247 (MQ=255) cacCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATGGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCa < 2:586548/250‑1 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAg < 2:385652/250‑1 (MQ=255) cAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGGTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGccc < 2:734311/248‑1 (MQ=255) gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTT‑GCTCCCGGTCCGCCGCCCCT‑GCTTTTACCGTACCCCCG‑CGGGGC‑GGAACCTCCCCCCCCCTTTTTCCCCCGATAACGAG‑ATGCCCGCCCCCCG‑CTTAGc > 2:464861/1‑250 (MQ=255) agTAACCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCTATAAGGGTTTCTTGCTTTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GCCCGTGTTTAC‑CGCCGCCTGGGTTTCCCA‑CCCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTCCCGCCGCCCGG‑TCTTTACCCGTACCCGGG‑CGGGCA‑GTACCCCCCCCCCGATTCTTTCCCAAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCa < 2:34341/250‑1 (MQ=255) aaTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTT‑TCTCGCGTTCCCCCCCCCCC‑GCTTTTACCCTACCCAGG‑CGGGCG‑GTAACCCCCCCCCCATTCTTTTCCCCGACATACAG‑ATGGCACGCCCCCG‑CTACGCCc‑aa > 2:365896/1‑249 (MQ=255) aaTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCCGCCAGCCCGCAATTGGCGGGGTT‑TCTTGGGTTCCGCCGCCCCG‑GCCTTTACCGTAACCACG‑CGGGGG‑GTAAACCCCCCCCCCTTCTTTCCCCCGACATCTAG‑ATGCGAGcccccccgtttgcccaa > 2:298568/1‑238 (MQ=255) aTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTT‑GGTCGCGTTTCGCCGCCCGT‑GCGTTAAACGTACCCAGG‑CGGGGA‑GGAAACTCCGCCCCATTCTTTTCCCCGATATAGAG‑ATGCCAGCCCGCCC‑GTAAGCCc‑aaa > 1:598147/1‑249 (MQ=255) cTGATATCGCTGGCGCGGTGTCGCGATAATGGGTTTCTGCTCTTTTTCTTTTTGCTGCAA‑GACTGTTTTTAC‑CGCCCCCTGGTTTTGCCA‑CCCCCAGTACA‑GGCGGGCTCCGCTGCCAGCCAGCATTTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTCCCCCCCCCCGT‑GCTTTAACCGTCCCCAGG‑CGGGCA‑GTACCCCCCGCCCGATTCTTTCCCCATATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGtt < 2:705326/249‑1 (MQ=255) gATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTT‑TCTCGCGTTCCGCCGCCCCT‑GCTTTTAACCTACCCAGG‑CGGGCA‑GGAACCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGCG‑ATGCCAGCCCGCCG‑CTAAGCCA‑AAAGAACCCtttgg > 1:202227/1‑247 (MQ=255) attcggccggtttAAGGGTTTTCGTCTCTTTTTCAATTTGCGGCAG‑GCCCGTTTTTAC‑CCCCGCCTGGG‑TTGCCACCCCCCAGCACA‑GGCGGGTTCCGTTGCCACCCGCCATTTGGCGTGTTT‑CCCCGCGTTCCCCCGCCCGT‑TCTTTACCCGTCCCCGGG‑GGGGAA‑CTACCCCCCCCCCGATTCTTTCCCCAGATGTCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGc < 2:273305/237‑1 (MQ=255) 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gCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGc > 1:416350/1‑249 (MQ=255) gtggTTTGGCTCGCTTTCCCCCCCCCGT‑GCTTAAACGGTCCCCGGG‑CGGGCA‑TTACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGTTAGCGAG‑ATGCCGGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCa < 2:131468/248‑1 (MQ=255) gggTTT‑GCTCGCTTTCCCCCCCCGGT‑GCTTTAACCGTCCCCGGG‑CGGGCA‑TTACCCCCCGCCCGATTTTTCCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAAc < 1:336602/250‑1 (MQ=255) gTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTg > 1:414171/1‑250 (MQ=255) cTCGCGTTCCCCCCCCCGT‑TTTTTAACCGTCCCCAGG‑CGGGCT‑TTAACCCCCCCCCCATTCTTCCCCCAGATTGCGAG‑AGCCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTc < 1:290767/250‑1 (MQ=255) cgccCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 2:693306/1‑248 (MQ=255) gccCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTCAGCCA‑AAAGTACCGGTGGTGTACCACGGGCCAGTCGTACCTGCGGCCGGAACGTTCCGAGCAAAAGGCCCCCATAAGCATGCTGCCGAAATTTTTTGCCGATCCATATCCGCCGAAAAGTCGTTCTCAGGACCGTCCTGAGTGGCAGCTGCCTTCGCCTTGGCTTccg > 2:715891/1‑248 (MQ=255) cGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagc > 1:160410/1‑248 (MQ=255) gg‑CGGGAA‑GAACCCTCCGCCAAATTCTTCCCCCAGATAGGGAG‑AGGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGc < 1:151751/250‑1 (MQ=255) ccTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATc > 1:47924/1‑250 (MQ=255) cTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATcc > 2:229747/1‑250 (MQ=255) | TGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAA‑GACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGT‑GCTTTAACCGTACCCAGG‑CGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAG‑ATGCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCA‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCC > NZ_CP009273/2221515‑2222002 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |