| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,199,805 | 0 | C | A | 35.1% | 89.4 / 23.2 | 78 | intergenic (‑190/‑17) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/36); new base A (13/14); total (28/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTAT > NZ_CP009273/3199560‑3200054 | tgAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACaa < 1:34987/248‑1 (MQ=255) gAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTCAGACAAATACaaaa > 1:899638/1‑249 (MQ=255) aCGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACt < 1:507789/250‑1 (MQ=255) tCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAAACAAATAAAAAAAAAGGAGtt > 1:526801/1‑250 (MQ=255) cTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAGATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGTATTTTTTCAACAAAATAaaaaaaataaggtgt > 2:458198/1‑241 (MQ=255) ccAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGcc < 2:125714/249‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGAAAAATACAAAAAATGGAGGTGCCat > 1:6812/1‑250 (MQ=255) tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCatgat < 2:725577/250‑1 (MQ=255) cTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAg < 2:913967/250‑1 (MQ=255) cTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAg < 1:484559/250‑1 (MQ=255) cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGc < 1:206367/248‑1 (MQ=255) aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGaaa < 1:825793/250‑1 (MQ=255) tttGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGAGTTGCCATGATGTGCGAAAGgaa > 1:393290/1‑250 (MQ=255) ggCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAg < 2:67030/250‑1 (MQ=255) ggCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAg < 1:610297/250‑1 (MQ=255) ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTTAATTTTTTTAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGTGAGCAAGTGATAAACAAAAga > 2:472954/1‑248 (MQ=255) gCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACAAATACAAAAAATGGGGGTTACATGATGAGCGACAAAAATAAGAAAAAAGCAgg > 1:49229/1‑249 (MQ=255) gCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGt < 1:576875/250‑1 (MQ=255) cTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTg < 1:624598/250‑1 (MQ=255) cTATTCAGCATCGTAAATTATCCGCAGATGTGATAAGCCGAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCAGCTCTGGAGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTTGTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCGCATTTTTAATGGTAGGTTGTGGCTGTGAATTTTTCCAGACAAATTCAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCATTg < 2:70613/250‑1 (MQ=255) gTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGAc < 1:682401/249‑1 (MQ=255) ttAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACag < 1:107629/250‑1 (MQ=255) aTTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACagag < 1:875075/249‑1 (MQ=255) ccGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGGATTTTTTTAGGAAAAAAAAAAAAATGGAGGTGCCATGGTGAGCGAAAGTAATAAAAAAAAAGCAGGGGATAAATAGACAGAGGTTGtg > 2:2277/1‑249 (MQ=255) aGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACAAATAAAAAAACTTGAGTTGTCATGATGAGCGGAAATAATAAAAAACAAGCAGTGGATAAGGTGAAAGAAAATTTCGCt > 1:711832/1‑249 (MQ=255) tgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACtt < 1:322021/249‑1 (MQ=255) aGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGACAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCg < 2:889811/249‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCCGACAAAAACAAAAAATTGAGGTGCCCTGATGAGCGAAAGTAATAAACAACAAGCAGTGGATAAAATGAAAGAGAATTTTGCCAACTTTaccacc > 1:695794/1‑250 (MQ=255) aGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGGATTTTTTTTAACAAATACAAAAAATTGAGTTTTCATGATTGGGGAAAGTAATAAAAAACAAGAAGGGGATATATTGAAAGAGATATTTGCTAACtttttccccctac > 2:810873/1‑240 (MQ=255) tgtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTTAGACAAAAAAAAAAAATGGAGGGTGCATGATGAGGGGAAGGAATAAAAAAAAGGGAGTGAATAAATTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTAACGCCATGAtt > 1:422486/1‑250 (MQ=255) aTTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGAGGTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAACAAAAAGCAGTGAATAAGATGAAAGAGAATGTTGCTAACTTTACCGCCATGAttttt > 1:124947/1‑248 (MQ=255) tttCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTCAAACAAATAAAAAAAAAGGAGGTGGCATGATGAGGGGAAAGAAAAAAAAAAAAGCAGGGAAAAAGATGAAAGAGATTGTCGGTAACTTTACCCCCACGATTTTTa > 2:917977/1‑250 (MQ=255) aaaCATTGCATTTCCCTGCTTTGGCGAAATATTCATTTTTATTTTCGCTTTGATGCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGGGGCGGTGAATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACGGGAGTTGCCATGAGGAGCAAAAGAAAAAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAAt < 2:552643/250‑1 (MQ=255) ttGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTAATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtg < 1:115068/250‑1 (MQ=255) aggccaatttttcttttTTATTTCCGTGTTGTTTCACAAACTGTTAATTAAATTTTCCGGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACTTTTTTAGTGGTAGTTTGGGGCGGTGATTTTTTCAAAAAAAATAAAAAAACTGAATTTGCCATGATGAGCAAAAGAAATAAGCACCAGGCAGTTAATAATTTGACAGAGATTGTCGTTATCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATa < 2:478413/239‑1 (MQ=255) gcgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCCCGAATTGTTAATTACATTTTCACGGTGGCAAAAAATATAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGTTTTTCGCTACCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAAc < 1:98006/250‑1 (MQ=255) cgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGGAATTTTTTTTGACAAATACAAAAAATGGAGGTGGCATGATGAGGGAAAGAAATAAAAAAAAGGCAGGGAATAAATTTAAAGAGATTTTCGCTAACTTTACCGCCACGATTTTTACCCGAACGCCTGATGTCGTGGTGGAGaaaa > 2:511864/1‑248 (MQ=255) aaTATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGAAAAAAAAAAAAAATGGGGGTGGCCTGATGAGGGAAAGGAATAAGAAAAAAGGAGGGAATAAAATGAAAGAGAATGTCGCTAAATTTACCGCCATGATTTTTAACCCAAAACCTGATGACGGGGGGGGTAAAATaa > 1:465932/1‑249 (MQ=255) atatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTTAACCAAAAACAAAAAATAGAGTTGGCCTGATGAGCGGAAGGAAAAAAAAACAAGCAGTGGATAAAGTGACAGAGAATATTGCTAAATTTACCGCCCTGATTTCTACACGAATGCCTCATGACGTGGGGGATTAACTaaa > 2:592119/1‑249 (MQ=255) ttcattcTTATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTCCCAGACAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCAGGAGGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAg < 1:814831/250‑1 (MQ=255) ttaattcTTATTGTGGCGTTGATTCACGAACTTTTAATTACATTTTCACGGTGGAAAAAAATATAAAGCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGGATTTTTTCCAGAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGAGAAGCGAAAGTAAGAACCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGTCTCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACa < 1:911915/246‑1 (MQ=255) tcattcTTATTTTCGCTTTGTTTATGAAATTGTTAATTATATATTCCCTGTGGAAAAAAGTAAAAAACCCTATTTTTAGTGTTTGTTTGTGCCGGTGAATTTTTCCAAACAAATCCAAAACCTGGATTTTCCATGTTGAGGGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGAGAATAATTTGACAGAGTTTGTTGTTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAg < 1:835117/249‑1 (MQ=255) cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTTAGACAAAAAAAAAAACTAGAGTTGTCCTGATGAGGGAAAGAAATAAAAAACAAGCAGTGAAAAAGATGACAGAGAATGTCGCTAAATTTAACACCATGATTTCTATCCGAAAGCCTGATGACGGGGGGGGTAaaaaaaaaaaaa > 2:936385/1‑245 (MQ=255) ctgaTTTTCGCTTTGATTCAAGAATTGTTAATTACATAGTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCAAATTTTTAGGGGGTGTTTGTGGCGTTGAATTTTTCAAGACAAATAAAAAACCTGGAGTTGCCAGGAGGAGCGAAAGTAATAAGAAACAGGCAGTAAATAATTTGAAAGAGATGGTCGCTAACTGTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTaaa < 2:892455/246‑1 (MQ=255) cTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTaaa < 1:642925/249‑1 (MQ=255) tttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTTAGACAAAAAAAAAAAAAGGAGTTGGCATGATGAGGGGAAAGAATAAAAAAAAAGAAGGGAAAAAAATGGAAGAGATTGGTGCCAAATTTAACGCCCAGATTTTTACCCGAATGACTGATGACGGGGGGGGTGAACTAAAAAAACAAAAAGATGc > 2:113520/1‑250 (MQ=255) ttgcgcgTATATTCACGAACTGTTAATTACATTTTCACGGTGAAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGGAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGAAAGAGATGGTCTCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATg < 2:883875/246‑1 (MQ=255) ggcgagttttttCACGATCTTTTATATACATATTCCCTGTGGAAAAAAATAAAAACCCACATTTTGTTTTTTAGTTTTTGGCGTTGAATTTTTCCAGACAAATAAAAAACCTGGATTTGCCAGGATGAGCAAAAGAAATAAGCAACAGGCATTAAATAAGTTCACAGAGATTTTCTCTATCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGc < 2:455652/239‑1 (MQ=255) cacgtatatatAATTACATATTCACGGAGGAAAAAAATAAAAAACCAAATTTTAAGGTGTGTTTTGGGGCGTTTAATTTGACCAAAAAAAAAAAAAAGCTGAAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAAAAACCAACGAAGAATAAATAATTAAAAAGAGATTTTCTCAAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAAAAGCTAAAGGATGCCGAAACgtcgtc < 2:475991/239‑1 (MQ=255) cACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAAATTTTTAGTGGTAGTTTGGGGCGGTGAATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGAGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACgtcgtc < 2:518244/249‑1 (MQ=255) cACGAACTGTTAATACCATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAACCCAAATTTTTAGTGTTAGTTGGGGGCGGTGAATTTTCCCAAACAAATACAAAAACTGGATTTGCCATGAGGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGTTTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACgtcgtc < 1:531303/249‑1 (MQ=255) acaaaCTGTTAATTACATATTCAGGGTGGCAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTAATAGTTTGTGGCGGTAAATTTTTCCAAACAAAAACAAAAACTGGATTTGCCATGATGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTAAATAATTTGACAGAAATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGtcgtcg < 1:725468/246‑1 (MQ=255) aCGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACCAATACAAAAAATTGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGAAATAAGCAACAAGCAGTGAATAAATTGACAGAGATTTTCGCTAAATTTACCGCCATGATTTTTACCCGAATGCCTGATGACGTGGGGGATAAAATAAAACAACTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGa > 1:932682/1‑250 (MQ=255) aCTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTCCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATggg < 2:376506/250‑1 (MQ=255) ttCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTCCGAAAAATAAAAAAAATGGAGGTGGCCTGGTGAGCGAAAGAAAAAAAAAAAAAGCAGGGGAAAAGATGACAGAGATTGTTGCTAAACTTATCGCCATGATTTTTACCCCAAAGCCTGTTGACGGGGGGGACAAAATAAAACAACATAAAGATGCCGAAACGGCGTCGGTGGGGGAAAATATCTAca > 2:376713/1‑248 (MQ=255) aggttGGAAAAAAATAAAAAACCAAATTTTTAGGGGTAGTTGGGGGGGGTGAATTTTTCCAAAAAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCAGGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTGGAAAGAGTTTGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATa < 2:466260/245‑1 (MQ=255) gTGGCAAAAAATATAAAACCACAGTTTTAGGGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTCCCAAACAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGGTGAGGGAAAGAAATAAACAACAGGCAGGAAATAAGTGGAGAGAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGAt < 1:780850/250‑1 (MQ=255) tgaaaaaaaaTAAAAAACCACATTTTTAGGGGTTGTTTGTGGGGGTAAATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACGGGAGTTGCAAGGAGGAGAAAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATg < 2:30175/246‑1 (MQ=255) aaaaaaaTAAAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTACCAAAAAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGAAATAACCAACAGGCAGTGAATAATTTGACAGAGTTTGCCGTTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTc < 2:185372/249‑1 (MQ=255) aaaaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTCAGACAAATACAAAAAATGGAGGTGGCAAGATGAGGGGAAAGAATAAACAAAAAGGAGTGAATAAGATGACAGAGATTGTAGGTAACTTTACCGCCCTGGTTTCTTACCGAATGCCCTATGACGGGGGGGGTAAAATAAAAAAAATAAAAGATGGCGAAACGTCGGCGGTGGGGGAAAATATTTAACATACGGAGTTc > 1:885874/1‑249 (MQ=255) aaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCACACCAATTTAAAAAATGGGGTTTTCCTGATTAGCGCAAGTAATAATAAAAAAGCAGAGAAAAAAATGTAAGAGAATTTTGCCCACTTTTTCCCCACATTTTTTTCCCCAAAGCCTGTTGACGGGGGGGTATAACCAAAAAACATAAAAGATACCCAAACGCTTTCGAGGGGGGGAATTATCTACCCTACgcattttgg > 2:6677/1‑241 (MQ=255) atatAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTCAGACAAATAAAAAAAATGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAAGAATAAACAAAAGGCAGTGAAAAAGTTGACAGAGAATGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTTTACCCCAATGCCTGATGACGTGGGGGGTAAAATAAAAAAGCTAAAGGATGCCGAAAAGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGacaa > 1:597288/1‑249 (MQ=255) atatAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGGGATTTTTTCACACCAATAAAAAAACTTGAGGTGGCATGATTAGCGAAAGTAATAAAAAACAAGCAGGGAATAAGATGACAAAGAATGTCGCTCAATTTACCGCCACGATTTTTAACCGCATACCTTATGACGTGGTGGGTAAAATAAAACAACTAAAAGATGCCCAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTTGacca > 2:712688/1‑247 (MQ=255) taaaaaCCCAATTTTTAGGGGTATTTTGGGGGGGTTAATTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAACTGGGGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAAAAAGCAAAAGGCAGTGAAAAAGTTGAAAAAGTTTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCCGATGACGGGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACAt < 1:917977/248‑1 (MQ=255) acccATATTTTTAGAGGCAGTTTGTGGAAATAAATTTTGCCAAAAAAACACAAAAACGGGAGTGGCCAAAATGAGAGAAGGTAATAAGAAACGCGCAGTAAAAAAGTTCACAGAGTTTCACGCTACATTTACCGCCATGAATTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCaa < 2:243072/248‑1 (MQ=255) aaCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCaa < 1:646086/250‑1 (MQ=255) aCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACGGGAGTTGCAAGGATGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTGGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCaaa < 1:491703/250‑1 (MQ=255) accaTTTTTAGTGGTATTTTTGGGCGTGGAATTTTACAAGAAAAATAAAAAAACGGGATTTGCAAGGATGAGCAAAAGAAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCaaaaa < 2:287764/248‑1 (MQ=255) acaTTTTTGGTGGTAGTTTGTGGCGTAGATTTTTTCCAAAAAAATACAAAAACGGGGGTTGCCATGATGAGCAAAATTAATAACCACCAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGCCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAg < 2:946334/250‑1 (MQ=255) ttttGTGGAGGTAAATTGTTCAAGACAAATACAAAACCGGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGAAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGTCTCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATc < 1:756487/249‑1 (MQ=255) gTTGGTGGGGGTAAATTTTACAAAAAAAATACAAAAACTGAAGTTGCTATAAGGAGCGAAATTAAAAAGAAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATc < 2:284364/250‑1 (MQ=255) tgGCGGTAAATTTTTCAAAAAAAATACAAAAACTGGAGTGGCCATGATGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcc < 2:268700/249‑1 (MQ=255) ggCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcctg > 2:948608/1‑250 (MQ=255) cGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcctgcc > 2:416395/1‑250 (MQ=255) ggTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcctgcct > 1:32172/1‑250 (MQ=255) ttCCAGAAAAATAAAAAACCGGGATTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGac < 1:599219/249‑1 (MQ=255) tcccaaaaaaaTACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAAAAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGac < 1:904474/241‑1 (MQ=255) gACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCggg < 1:714534/250‑1 (MQ=255) aCAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCggg > 1:274723/1‑249 (MQ=255) cAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACACCATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTAt > 2:898980/1‑250 (MQ=255) | TGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTAT > NZ_CP009273/3199560‑3200054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |