| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,570,451 | 0 | C | T | 34.4% | 151.5 / 34.5 | 91 | E277K (GAA→AAA) | hsdS | type I restriction‑modification system specificity subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/50); new base T (31/0); total (40/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTTTTTGACCAGAAGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAG‑TTCAC‑TTTCTGAAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTA‑TTGGATGA‑CCAACA‑CCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGT‑AATTC‑AGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTT > NZ_CP009273/4570204‑4570687 | ccTTTTTGACCAGAAGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAG‑TTCa < 2:782563/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |