| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,556,103 | C→G | V212V (GTG→GTC) | ddpA ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,556,103 | 0 | C | G | 99.0% | 356.7 / NA | 95 | V212V (GTG→GTC) | ddpA | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (49/45); minor base T (1/0); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGCACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTCCGGAACCGGCGGTATTTTGCGCGAGGAAGCCGCGAGCATCATCCGCTGCATGTTCCTTTAAGACCGCCGGATTGATAATGGATGCACCGTCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGC > NZ_CP009273/1555856‑1556348 | gCAGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGTGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGAc > 1:276948/1‑250 (MQ=255)gCAGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGGCGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGAc < 1:638249/250‑1 (MQ=255) cAGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGAc > 1:101848/1‑249 (MQ=255) cAGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGAc > 2:434655/1‑249 (MQ=255) aGATCCGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCa < 2:959204/250‑1 (MQ=255) ccGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCCGCTACAGATAGGGAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCCCTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGCTTTGGGACCAGAAc > 1:892077/1‑250 (MQ=255) cGCCTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACt < 1:740906/250‑1 (MQ=255) ccTGATTAAGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTaa > 2:465544/1‑250 (MQ=255) aaGAGGCGCTTTGCTGTTATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGa > 2:361979/1‑250 (MQ=255) ttATTCAGATACAGATAGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCtt < 1:242022/249‑1 (MQ=255) 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ataGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGt < 1:315544/250‑1 (MQ=255) taGGTAACGCGCAGTGACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTc < 1:46895/250‑1 (MQ=255) gACGGATACTCTGCCACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGGCCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTCCGGAACCGGCGGTAt > 2:37139/1‑250 (MQ=255) 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ccACATTGACTTTATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTCCGGAACCGGCGGTATTTTGCGAGAGGa < 2:62270/249‑1 (MQ=255) tttATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTCCGGAACCGGCGGTATTTTGCGCGAGGAAGCCGCGAGca > 2:539527/1‑250 (MQ=255) tttATTTTCCTGCTTCAGGGCGTTGAGTTGATCCACCGGCAGCGCATCGGCAATGTCAATGTCGCCACGGGAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTTCGGTTTATTGCCTGGGTAATGCGGATTTGGGACCAGAACTAATTGCTGACCTTTTTGCCAGCTTTTCAGCATAAATGGTCCGGAACCGGCGGTATTTTGCGCGAGGAAGCCGCGAGca > 2:113210/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |