| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 29,496 | 0 | T | A | 38.8% | 87.8 / 19.0 | 49 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/3); new base A (0/19); total (27/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.17e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTA‑ATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGTC > NZ_CP009273/29249‑29740 | aaGGGCTTTAATTTTTGGGCCTTTTATTTTTGGTTTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTTTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATATTTTTGTCGCTTA‑ATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 2:142361/250‑1 (MQ=255) aaTTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTA‑ATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc < 2:539758/249‑1 (MQ=255) tttGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTA‑ATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCa < 1:18407/249‑1 (MQ=255) tttATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTA‑ATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc > 1:433294/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |