Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,380,341 | 0 | G | A | 38.2% | 73.7 / 31.6 | 55 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | M28 family metallopeptidase/YfbM family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/29); new base A (21/0); total (26/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCTATGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTG > NZ_CP009273/2380098‑2380584 | tttaaaaaTCCCCAAGGGTTTTTTCCGGTTATTGTTTTCTCTGCCCCCCTAAATTATGGGAAAAAAAATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACa < 1:486624/243‑1 (MQ=255) cTATGAATCCCCCAGGTTTTTTTCCCGGTTTTGTTTTCTCGACCCACTTAAATTATGGCCAACGCGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACAt < 1:464154/249‑1 (MQ=255) tacatcccacAGGTTTTTTTCCTGTTATTTTTTTTTCTCACCCTCTAACTTAGTCTCAACACTATCTTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGca < 2:123966/240‑1 (MQ=255) tATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGTTATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGACTCAGGTAGTGGATGTTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTAGTGGCGG‑TTGCAGCAAAAAACAACATACAA‑TTTTTTTTTTtccga > 2:321458/1‑248 (MQ=255) cccGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGAGGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTACATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGTAGCCAG‑AAAAAGAGA‑AAGCACAattttatttccatcttact > 2:138291/1‑240 (MQ=255) aTTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GGCCAG‑AAAAAACAAAATACAA‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTaaaa > 1:88897/1‑246 (MQ=255) aTTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCACTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTTCAG‑AAAAAACGACATGCAA‑AATTTTTTTTTCTTCCTCtt‑tttttata > 1:363245/1‑244 (MQ=255) ctGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCCG‑AAAAAAAGAAATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTTCTCTT‑TTTTTATATGCGgaa > 1:110643/1‑249 (MQ=255) caccTGATTTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGaa < 1:526023/250‑1 (MQ=255) caccTAAATTATAGGAAACACTATTTTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGaa < 1:395391/250‑1 (MQ=255) accTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAA‑AAAAAGAGAAAAGAAA‑CTTTTTTTTTTTCTCCTCTG‑TTTTTTGATGGGAAAAATTaa > 2:209970/1‑249 (MQ=255) ccTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAA‑AAAAAAAAAAATGCAC‑ATTTTTTTTTTTCTCATCTG‑TTTTTAAATGTGAAAAAAGAAAt > 1:254168/1‑250 (MQ=255) aaTTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAACGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTTCTCATCTT‑TTTTTAAATACGAAATAAGaaaattt > 1:652301/1‑245 (MQ=255) attattGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAAc < 1:119467/250‑1 (MQ=255) ttGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCCG‑AAAAAAAGACAAGCAC‑CTTTTTTTTTTCCTCCTCTT‑GTTTTAGAAGCGCAACATTAAAATTAACgggg > 1:550399/1‑248 (MQ=255) ctaaacaacatccccGCCATCATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGaaa < 2:609011/238‑1 (MQ=255) tatTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAaaataaat < 1:157423/249‑1 (MQ=255) tatTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATg < 1:236021/250‑1 (MQ=255) tatTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATg < 2:65815/250‑1 (MQ=255) gCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGa < 1:600483/250‑1 (MQ=255) aTGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCt < 1:428667/250‑1 (MQ=255) ttACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTAttt < 1:381669/250‑1 (MQ=255) cTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGc < 1:171550/250‑1 (MQ=255) gACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTTCAG‑AAAAAAAGAAATGCAC‑AATTTTTTTTTCCTCCTCTG‑TTTTTAAATGGGAAAAAAGAAATTTAACCGGGGGAAAATAAAAGGGGATGATTGGGTAttttt > 1:148954/1‑246 (MQ=255) acacCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAg < 2:575462/249‑1 (MQ=255) cTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGC‑G‑GTCCAG‑AAAAAACGACAAGCAA‑ATTTTTTTTTTTCTCATTTT‑TTTTTTGATTCGAAAAAAGAAAATCAACGGAGGAAAAAAAAAATGGAATTATTGGCTATTTTTTAG‑aaaataaa > 2:391995/1‑245 (MQ=255) aaTACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCCG‑AAAAAAAGACAAGAAC‑ATTTTTTTTTTTCTCATCTG‑TTTTTAAAAATGAAACAAGAAAATTAAAAGAGGAAAAAAAAATTGGGAAGATTGGGTATTTTTTAG‑AAAATGAATCACAAAAAATTaaaa > 2:189246/1‑247 (MQ=255) aTACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGAGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTTAAATGGGGAACATGAAATTTAAAGGAGGGAAAATAAAAAGGGATGATTTGGTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAAATTaaacc > 1:343096/1‑246 (MQ=255) ccACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAAAGAAATGGCA‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTT‑TTTTTAAATGCGAAAAATGAAAATTAACGGAGGAAAAAAAAAAGGGGATGATTGGCTTTTTTTCAG‑AAAATTAATCAGAAAAAAATAAACaaacg > 1:417169/1‑247 (MQ=255) gCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCCG‑AAAAAAAGACATGGCC‑ATTTTTTTTTTCCTCCTTTG‑TTTTTAAATGCGGAAAATGAAAATTAAAGGGGGGAAAAAAAATGGGAATGATTGGGTTTTTTTCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACAAAATGATTTAg > 1:653285/1‑250 (MQ=255) agacagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCt < 2:108943/250‑1 (MQ=255) ttATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGataat < 1:274641/250‑1 (MQ=255) aGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GGCCCG‑AAAAAAAGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCCTCTGTTTTTAAAATGGGAAA‑ATGGAAATTAACGGGGGGAAAAAAAATGGGGATGATTTGGTATTTTTTAG‑AAAATGACTCAGAAAAGATTAAACAAATGCTTTAGTCTACTGAAAAACCTTTTATGGATAATATACa > 1:422892/1‑250 (MQ=255) aaaTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTTCTG‑GAAAAAAAAAAAGGAA‑ATTTTATTTTTCCTTATCTG‑TTTTTTAATGGGGAAAAAGAAAATTAAAGGGGGGAAAAAAAATTGGGATGGTTGGTTATTTTTTAGAAAATTGA‑TTAAAAAAAATTAAAAAAAAATTTGGGTCTACTTAAAAAACATTTATgggaaaaaaaaaag > 2:39470/1‑237 (MQ=255) cAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GGCCAG‑AAAAAACGACATGCAC‑CTTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTTAGAAGCGAAAAATGAAATTTAAAGGAGGAAAAATAAAAGGGGAAGATTTGCTATTTTTCAG‑AAAATTAATCAGAAAAAATTAAACAACAGCTTGAGTTTACTGAAAAAACTTTTATGGATAAAATACATGAAACGCttt > 1:475399/1‑250 (MQ=255) tGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGAtt < 2:289277/250‑1 (MQ=255) gATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTa < 1:571757/249‑1 (MQ=255) tGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAACGAAAAGCAA‑ATTTTTTTTTTCCTCATTTT‑TTTTAAGAAGCGAAAAAAGAAATTTAACGGAGGGAAAAAAAATTGGAAAGATTTGGTATTTTTGAG‑AAAATGAATCAGAAAAAATTAACCCAATGCTTTAGTCTTTTGAAAAAACTTTGATGGGTAAAATAAATTAAAACCTTTTAGGATTAAGc > 2:670214/1‑250 (MQ=255) tgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCGGGATTACGCCGa < 1:625202/250‑1 (MQ=255) ttATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGAc < 2:188412/249‑1 (MQ=255) ataACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GGCCCG‑AAAAAACGACAAGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTTAAATGCGGAACAAGAAAATTAACGGGGGGAAAATAAATAGGGAAGATTTGGTATTTTTTAG‑AAATAGAATCACAAAAAATTAACCAAACGCTTGTGTCTACTTGAAAACCCTTGATGGATAATAAAAATGAAACACTTTTTGGATTAAGCCGCCTgg > 1:618515/1‑250 (MQ=255) cTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAAAGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCCCCTCTG‑TTTTTAGATGGGGAAAAATAAATTTAACGGAGGAAAAAAAAATAGGGATGATTTGCTATTTTTCAG‑AAAATGACTCAGAAAAAAATAACCAAATGCTTGTGTCTACCGAAAAAACTTTTATGGATAATATAAATTAAACGCTTTTAGGATTACGCCGACTGGgtat > 1:457874/1‑250 (MQ=255) ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GGCCCG‑AAAAAACGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTTAAATGCGAAACATGAAATTTTAAGGAGGGAAAATAAAAGGGAATGATTGGGTATTTTTTAG‑AAAATTACTCAGAAAAAATTAAACAAATGCTTGAGTCTACTGAAAAAACTTTTATGGGTAATATAAATTACACGCTTTCTAGATTAAGCCGGCTGGGTAtt > 1:296309/1‑249 (MQ=255) tGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAAAGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCATCTG‑TTTTTAGAAGCGAAACAAGAAAATTAAAGGGGGGAAAAAAAATGGGAATGATTGGCTATTTTTCAG‑AAAATGAATCAGAAAAAAATTAAAAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAAACTTTTATGGATAATATACATGACACGCTTTTAGGATTACGCCGAATGGATATTGa > 1:464585/1‑250 (MQ=255) gTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGa < 1:350383/249‑1 (MQ=255) acaacaGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCCG‑AAAAAAAGACAAGAAC‑AATTTATTTTTCCTCCTCTG‑TTTTTAGATGCGAAAAAAGAAAATTAAAGGAGGGAAAAAAAATAGGGATGATTGGCTTTTTTTCTG‑AAAATTACTCAGAAAAAATTAAACAAACACTTTTGTTTACTGAAAAAACTTTTTTGGGTAATATAAATGACAAACTTTCAGGATTACGCCGACTGGTTATTGAaaaaag > 2:180660/1‑248 (MQ=255) aacaGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCt < 1:273632/250‑1 (MQ=255) aataatAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGAttt < 1:516119/250‑1 (MQ=255) aaaaTTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTaca < 1:655923/249‑1 (MQ=255) ctcGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTggg < 1:477329/249‑1 (MQ=255) gAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCt < 2:550399/248‑1 (MQ=255) cAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGTTGACAGGCACcta > 2:365822/1‑249 (MQ=255) cAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACctc > 2:150865/1‑250 (MQ=255) cAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACct < 1:189246/249‑1 (MQ=255) g‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTg < 1:59648/250‑1 (MQ=255) | TCTATGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTG‑TTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAG‑AAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTG > NZ_CP009273/2380098‑2380584 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |