Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,199,805 | 0 | C | A | 32.8% | 84.8 / 14.7 | 58 | intergenic (‑190/‑17) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/31); new base A (8/11); total (16/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGA > NZ_CP009273/3199565‑3200048 | gATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAGTTTTTTTA‑GACAaaaaaaaaaaactg > 2:290885/1‑246 (MQ=255) gATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑gg < 1:377386/250‑1 (MQ=255) aTTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGa < 1:282460/250‑1 (MQ=255) tCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑TAATTTTTTTACGACAaaaaaaaaaatcgtgtg > 2:628266/1‑243 (MQ=255) gcTACCAGTACCTGCTAGTCCTTGGCGAAAGGCCAGCTAGTCAGCCTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGt < 2:400233/248‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCa < 2:573005/250‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCat < 1:350745/250‑1 (MQ=255) 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aaTTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTc < 1:93212/249‑1 (MQ=255) ttCAA‑GAAAAATAAAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTGGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGac < 1:505556/249‑1 (MQ=255) a‑GAAAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGAGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCgg < 1:88566/250‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAAACG‑GGAGTTGCCAAGATGAGCAAAAGTAATAAGCACCAGGCA‑GTAAATAGGTTGACAGAGATTGCCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGga < 1:246208/249‑1 (MQ=255) aaaTACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCggg > 2:415953/1‑247 (MQ=255) | GATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGT‑GAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCT‑ACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCG‑AAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGA > NZ_CP009273/3199565‑3200048 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |