Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP009273 | 3,725,073 | 0 | G | A | 32.8% | 89.0 / 19.0 | 58 | E195K (GAA→AAA) | xylF | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/16); new base A (0/19); total (23/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAA‑CCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACC‑AATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGG > NZ_CP009273/3724825‑3725301 | aCGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAA‑CCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACC‑AATGGGTTGATGGCTGGTTACCgg < 1:244826/249‑1 (MQ=255) 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gACC‑AATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACgt > 1:73990/1‑250 (MQ=255) c‑AATGGGTTGATGGCTGGTTATCGGAAAACGCATAGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGAGCGCAAGGTTTATCCGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCCCGAAGGTAATAAACGTATTGCTGCCGGTAAGCAAACTATGACGGAGTATATACATAATAAgttgt > 2:662174/1‑250 (MQ=255) tGGTTTGATGGCTGGTTCCCGAAAAACGCATTGAAAATTATGAAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTgg < 1:298417/250‑1 (MQ=255) | ACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAA‑CCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACC‑AATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGG > NZ_CP009273/3724825‑3725301 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |