Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,049,475 | 0 | A | C | 34.5% | 113.6 / 12.7 | 58 | G75G (GGT→GGG) | glnL | nitrogen regulation protein NR(II) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/7); new base C (0/20); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAGGTTGCA > NZ_CP009273/4049227‑4049724 | gCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAAc > 1:358216/1‑250 (MQ=255) tGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGCTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑ccc > 1:443701/1‑250 (MQ=255) tGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTc > 1:610784/1‑248 (MQ=255) cgcgccACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACtt > 2:356529/1‑250 (MQ=255) gcgccACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACttt > 1:161437/1‑250 (MQ=255) ccccggaaaaCCCCCAAGCGGTTTTTAAATCTCAGGGGCCGGGCCGCCCACAAAGCCCCGGGCGTCCACTGGCTGGGCGTCCTGTAGCTTTTCCTGACTTAA‑GCGTGGCGGTTTTTCCAGCGGAGCATTCCCCAACAGGTTCTGGCCGTCCGGCATACGCGGGGCCGCCCCAAAAAGGATAGGCGAGCGCCCGCCGAGAACCAGCGTCCCTTCTTTAGCGATAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCt < 2:457739/243‑1 (MQ=255) cACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTg > 1:209878/1‑250 (MQ=255) acaaaacccGCCAAGCGGATTTTTACTCTCATGTGCCGGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGGTGGGCGTGCTGTAGCTTTTCCTGCCTTAC‑GCGGCGCTGGTTCTCCAGCGGCGCCACCTCCAGCAGGATCATGCCGCCCGGCATCCGCTGGCCCGTCACAGAAAGTATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGAAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGc < 2:590163/243‑1 (MQ=255) cGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCa > 1:427146/1‑250 (MQ=255) aaaacccGCCAAGCGGTTTTTTACTCTCATGTGCCAGGCCGCGCAATAAATCACGGGCAGCACCCGGCGGGGCGTGCTGTAGCTGTCCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTACCCATCGGGGCCATCCCCAGCAGGATCATGCCGCCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCCCCCGTCGATGCCCAGCTTCATTTCGTTATCGGTAAACCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCAt < 2:263790/245‑1 (MQ=255) 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gcaACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAAtt > 1:265489/1‑250 (MQ=255) caacccTGCGGGGCTGGCTGTAGCTTTCCCTGTCTTAG‑GCGGCGTTGGTTACCCACCGGAGCCTTCCCCAGCAGGACCAGGCCGCCCGGCATCCGCTGGCCCTCCACAAAAAGGATATGCGACCCCCCGCCGATGCCCCGCTTCCCTTCTTTATCTGTAAACCCTTC‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAAtt < 2:276256/246‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGc > 2:249508/1‑250 (MQ=255) 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a‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAgg > 2:538384/1‑250 (MQ=255) aTCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATGCGCGGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAACCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCg < 1:174991/250‑1 (MQ=255) aggCCATCACCGGCAGGACCAGCCCTTCCGGCATCCGCTGGGCCTACACAAAAAGGTGATGCGCGCGCCCGTCGATGACCGGCGTCCTTTCTTTATCGGTAAACCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAg < 2:297471/248‑1 (MQ=255) 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tGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGc > 1:323057/1‑250 (MQ=255) cAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCAt > 2:500049/1‑249 (MQ=255) cAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCGGCGTGCCTGTTGCCAt > 2:368812/1‑249 (MQ=255) tCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGtctc > 2:287292/1‑250 (MQ=255) tCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGtctc > 2:419329/1‑250 (MQ=255) ggTAAACCCTGG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACa < 1:356529/249‑1 (MQ=255) ggaaaaCCCTGCCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAg < 2:161437/248‑1 (MQ=255) aaCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAGGTTg > 1:104388/1‑249 (MQ=255) aCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAGGTTGCa > 2:77462/1‑250 (MQ=255) | GCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAA‑GCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAGGTTGCA > NZ_CP009273/4049227‑4049724 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |