Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,221,729 | 0 | A | T | 32.1% | 79.6 / 12.7 | 54 | pseudogene (509/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/25); new base T (17/0); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATG > NZ_CP009273/2221483‑2221978 | ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑TCTCGCGGTTCCCCGCCCCTGCTTTTA‑cc > 1:1062494/1‑250 (MQ=255) ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑GGTCCCTGTTCGCCCCCCCTGCCTTTA‑cc > 1:1038494/1‑250 (MQ=255) ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTTA‑cc > 1:595173/1‑250 (MQ=255) cccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑cc < 2:792948/249‑1 (MQ=255) aCATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCa < 2:1098497/250‑1 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCCGCAATTGGCGGGGTTT‑TTCCGCTTTCCCCCCCCCG‑GGTTTAA‑CCGCA‑CCCaagggg > 1:57927/1‑245 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCgg < 1:619068/250‑1 (MQ=255) 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caGCTACTGCCGGCTTTTGACGGCATTAATATCGGCTTCCACAGCTTCAACTGAAGAATTAATCCCGTTCTGATATAACTGCGGATCGTTCAAGATAATGGTGTTCTGCGCTTTTTCGATGTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAG‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GGTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGc < 2:1531336/248‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTa < 1:590209/250‑1 (MQ=255) ctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GGTCGCGGTCCCCCGCCCCGGCTTTTA‑ACGTA‑CCCAGGCggggcggaacc > 1:1281921/1‑242 (MQ=255) 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gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTc < 2:766030/250‑1 (MQ=255) tatCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTT‑GTCCGGGTT‑CGCCCCCCCCGCCTTTA‑CCCTG‑CCCAGGGGGGGCGTAACCCCCGCCCCGC‑TTTTTTcccccat > 2:1407198/1‑247 (MQ=255) tCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTTCCCGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑TCTCGCGCTCCGCCCCCCGCGCTCTTA‑CCCTA‑CCCCCGCGGGCAGCATACCCCC‑CCCCC‑CTCTTTCCCCCCatat > 2:1269976/1‑250 (MQ=255) 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cAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑TCTCGCGGTCCGCCCCCCCTGCTTTTA‑CCCGA‑CCCAGGCGGGCCGTAAACCCCC‑CCCGC‑TTCTTTCCCCCGATATCGGGAT‑GCccg‑cccgc > 1:9675/1‑250 (MQ=255) cAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCGGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑ccc < 2:153170/248‑1 (MQ=255) cTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑GGTCGCGGTCCGCCCCCCCTGCTTTTA‑CCCTA‑CCCCGGCGGGCCGTAAACCCCG‑CCCGG‑TTTTTTTCCCCGATATCGGGAT‑TGCCG‑CCCGCCG‑TTAAGCCCAAAATAACC‑TTg > 1:642812/1‑250 (MQ=255) 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tgccgttAATGTTGTTCTGCTCTTTTCCT‑TTTGGTG‑GAAAACCGTGGTTAACCGCCG‑CTGGGTT‑GG‑AC‑CCCCCCGAAGAGGGCGGGTCTAGGCGGCCGGCCGGCAGTGGGG‑GGGTTT‑GCCCGCGTCCCGCCGCCCGTGCTTAAC‑CCTTA‑CCCAGGCGGGGAATACCCCCCG‑CCCGA‑TTCTTCCCCCAAAAATCGGGAT‑GCCAC‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑Gt < 2:562387/244‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTTTTCT‑TTTGCCGACAACCCGGTTGTTAC‑CGCC‑CCTGGGTTGTC‑CCTCCCCCAGTACG‑GGCGGT‑CTCCGCTGCCACCCCGAAATTGGC‑GGGTTT‑GCCCGCTTCCCGCCGCCCGTTTTTTAC‑CCGTA‑CCCGGGCGGGCAGTACCCTCCC‑CCCGT‑TTCTTCCCCCATATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGAt < 2:1497607/249‑1 (MQ=255) ccaacacggttttAA‑CCCCCCCTGGGGT‑TGCCCCCCCCCAGTACG‑GGGGGT‑CTCCGCCCCCGGCCAGAATTGGGC‑GGTTTT‑GCCCGCCTCCCGCCCCCCGTTTTTTAC‑CCGTC‑CCCGGGCGGGCAGTACCCTCCC‑CCCGA‑TTCTTCCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCAt < 2:22885/240‑1 (MQ=255) cAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑TCGCGCGTTCCCCCCCCCCCGCGTTTA‑CCGCA‑CCCCAGCGGGCCGTAACCCCCC‑CCCCAGTTTTTTCCCCA‑ATAACGAGAT‑GCCCA‑CCCCCCC‑GTAAGCCAAAAGTATCGCTCGGTG‑ACCCCGGGCCGGGCGGTCCTTGCGGCGGGTCCGTTC‑GTGCAGAACGCCCCCAt > 2:685144/1‑250 (MQ=255) acctgttttcagcgccgcCTGGGTT‑GC‑CCACCCCCAGTACG‑GGCGGC‑TTCCGCTGCCCGCCAGAAATGGGG‑GGGTTT‑CCTCCCGTCCCCCCCCCCGTGCTTTAA‑CCGCA‑CCCAGGCGGGCAGAACCCCCCG‑CCCGA‑TTCTTCCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAg < 2:759048/238‑1 (MQ=255) ccGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CCACGCCGCCAGCCAGCAAATGGC‑GGGGTT‑TCTTTCGGTCCCCCCCCCCCGCTTTAA‑CCCCACCCCAGCGGGGCGGAACCCCCCC‑CCCCA‑TTTTTTCCCCAGGAAT‑GCGAT‑GACAA‑CCCCCCGCTTAACCCAAAA‑AATCC‑CTGGGGTACCCCGGGCCGGTC‑CCACCCTCTTCCCGCGCGTTCCGAGCA‑ACCGGCCCCACTAAgac > 2:960047/1‑248 (MQ=255) 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ccgccgCCCGTCTTTTAC‑CCGTC‑CCCAGGCGGGAAGTACCCCCCC‑CCCGT‑TTCTTCCCCCAGATTCCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGc < 1:362212/250‑1 (MQ=255) ccgccCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 1:32922/1‑249 (MQ=255) cccGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagc > 1:930438/1‑250 (MQ=255) gTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagctag > 2:1401924/1‑250 (MQ=255) ttAC‑CCGTC‑CCCAGGCGGGCAGTACCCCCCC‑CCCGA‑TTCTTCCCCCAAATAGCGAGAC‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGa < 1:1025046/249‑1 (MQ=255) aa‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATg > 1:1176599/1‑250 (MQ=255) | CCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAACCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATG > NZ_CP009273/2221483‑2221978 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |