Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP009273 | 2,221,754 | 0 | T | C | 43.9% | 57.9 / 18.1 | 57 | pseudogene (484/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/10); new base C (8/17); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATC > NZ_CP009273/2221517‑2222001 | cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACCCTTCCAACCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑GGCCCCGTTCCGCCGCCCGCGCTTTCA‑CCGTA‑CCCAACCCGGCAGCAA‑ACTccc‑cccccttcc > 1:159378/1‑244 (MQ=255) tGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCCGGCTTTTA‑ACCTA‑ACCCGGCGGGCGGTAA‑CCTCCC‑CCCGG‑TTCtt > 1:597713/1‑250 (MQ=255) ggCATAAAAATCGGCTTCCACTCCGTCAACGAAAGAAGTAATCCCGTTGTGAGATTGCTGGCGATCGGTCGCGATAAGGGTGTTCGGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑GG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTGCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCtt < 2:887030/249‑1 (MQ=255) gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCttt < 2:225947/249‑1 (MQ=255) gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTc < 2:766030/250‑1 (MQ=255) tatCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTT‑GTCCGGGTT‑CGCCCCCCCCGCCTTTA‑CCCTG‑CCCAGGGGGGGCGTAA‑CCCCCGCCCCGC‑TTTTTTcccccat > 2:1407198/1‑247 (MQ=255) tCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTTCCCGCCAGCAATTGGC‑GGGGTT‑TCTCGCGCTCCGCCCCCCGCGCTCTTA‑CCCTA‑CCCCCGCGGGCAGCAT‑ACCCCC‑CCCCC‑CTCTTTCCCC‑CCatat > 2:1269976/1‑250 (MQ=255) 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tgccgttAATGTTGTTCTGCTCTTTTCCT‑TTTGGTG‑GAAAACCGTGGTTAACCGCCG‑CTGGGTT‑GG‑AC‑CCCCCCGAAGAGGGCGGGTCTAGGCGGCCGGCCGGCAGTGGGG‑GGGTTT‑GCCCGCGTCCCGCCGCCCGTGCTTAAC‑CCTTA‑CCCAGGCGGGGAATAC‑CCCCCG‑CCCGA‑TTCTTCCCCC‑AAAAATCGGGAT‑GCCAC‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑Gt < 2:562387/244‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTTTTCT‑TTTGCCGACAACCCGGTTGTTAC‑CGCC‑CCTGGGTTGTC‑CCTCCCCCAGTACG‑GGCGGT‑CTCCGCTGCCACCCCGAAATTGGC‑GGGTTT‑GCCCGCTTCCCGCCGCCCGTTTTTTAC‑CCGTA‑CCCGGGCGGGCAGTAC‑CCTCCC‑CCCGT‑TTCTTCCCCC‑ATATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGAt < 2:1497607/249‑1 (MQ=255) ccaacacggttttAA‑CCCCCCCTGGGGT‑TGCCCCCCCCCAGTACG‑GGGGGT‑CTCCGCCCCCGGCCAGAATTGGGC‑GGTTTT‑GCCCGCCTCCCGCCCCCCGTTTTTTAC‑CCGTC‑CCCGGGCGGGCAGTAC‑CCTCCC‑CCCGA‑TTCTTCCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCAt < 2:22885/240‑1 (MQ=255) 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ggCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGc > 1:172255/1‑250 (MQ=255) ggCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGc > 1:1414574/1‑250 (MQ=255) ggCGGGATGTAC‑CCCCCC‑CCCGA‑TTTTTCCCCC‑AGATGCCGAGAT‑GCCGG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGc < 1:272619/250‑1 (MQ=255) aggcaaGTAA‑CCCCCG‑CCCGA‑TCTTTCCCCC‑AGATACCGAGAG‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCa < 1:1429358/245‑1 (MQ=255) ggggAGGAA‑CCCCCG‑CCAGT‑TTCTTCCCCC‑AGGTATGGGGAT‑ACCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCAc < 1:1239787/250‑1 (MQ=255) ggCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCAcc > 1:1217233/1‑250 (MQ=255) agCAGTAC‑CCTCCG‑CCTGA‑TTCTTGCCCC‑AGATAACGAGAG‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCAcc < 1:1539345/249‑1 (MQ=255) cAGTAC‑CCCCCG‑CCCGT‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTg < 1:1407198/250‑1 (MQ=255) tAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCa > 1:425888/1‑249 (MQ=255) aa‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCata > 1:759273/1‑250 (MQ=255) ccTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGCGTGGCCACTGCCTTCGCCTGGTCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCGGCatacc > 2:161295/1‑248 (MQ=255) | CTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTG‑CAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTT‑TG‑CCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAA‑CCGTA‑CCCAGGCGGGCAGTAA‑CCTCCG‑CCCGA‑TTCTTTCCCC‑AGATATCGAGAT‑GCCAG‑CCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTC‑GTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCA‑AACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATC > NZ_CP009273/2221517‑2222001 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |