Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAAGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995147‑1995641 | cAAGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGaaa > 1:590756/1‑249 (MQ=255) aaGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGaaaa > 1:398247/1‑249 (MQ=255) ttCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑c > 1:826583/1‑250 (MQ=255) ttCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑c < 2:617670/250‑1 (MQ=255) ccACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGGGAAATGAGG‑GGATATTT‑GGGGGAT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑ccc > 1:164964/1‑250 (MQ=255) cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cccc < 1:136788/250‑1 (MQ=255) cGCTCGCGGGCAGTCGACCCTACAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCTATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCGCTGCGTTATATGAGTTATCTGCATGATTATACGTTT‑CTGCAGG‑GTATTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccgc < 2:131955/250‑1 (MQ=255) 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CAAGTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTT‑CTGCAGG‑GTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGG‑GGTTATTT‑GGGGGTT‑ACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995147‑1995641 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |