Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP009273 | 2,221,718 | 0 | G | C | 36.4% | 62.5 / 10.6 | 44 | pseudogene (520/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/16); new base C (10/6); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCA > NZ_CP009273/2221469‑2221966 | ataatTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTTAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTccgccg < 1:1012884/250‑1 (MQ=255) aatTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCC‑CGCGCTCCgccgcc > 1:676168/1‑250 (MQ=255) tcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTg < 2:317086/249‑1 (MQ=255) attttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑TGGGTTCCGCCCCCCGTG‑cct > 1:120078/1‑248 (MQ=255) ttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGccccggccttta > 1:502420/1‑241 (MQ=255) ttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTa < 1:969719/249‑1 (MQ=255) tcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑GGT‑CGCGGTCCGCCGCCCCCG‑CTTTTAc > 1:164269/1‑250 (MQ=255) ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAAc < 1:158731/249‑1 (MQ=255) ccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCC‑CGCGGTTCGCCGcccccgcctttaacg > 1:354496/1‑237 (MQ=255) cgcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑a < 2:980978/250‑1 (MQ=255) cgcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑a < 1:922379/250‑1 (MQ=255) gcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑TCTCCGGGTTCCGCGCCCCTGG‑CTTTAACCGtc > 2:536619/1‑249 (MQ=255) gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTTCGCCGCCCCTG‑CTTTAACCGT‑A‑ACCACGCGGGCC‑G‑TTACCTc > 1:909542/1‑250 (MQ=255) 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gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑TCCGGTCCGCCCCCCGGG‑CCTTTACCGT‑A‑CCCCGGCGGGCC‑G‑GAACCTcccccc > 1:823239/1‑250 (MQ=255) ttttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑GCT‑CTCGTTTCGCCCCCCCAG‑TTTTTACCGC‑A‑TCCACGCGGGCA‑G‑CAACCTccccccc > 1:376129/1‑249 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCt < 1:270076/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |