| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,221,757 | 0 | G | C | 35.0% | 62.9 / 10.1 | 40 | pseudogene (481/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/10); new base C (6/8); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCC > NZ_CP009273/2221509‑2222002 | gggTTTTGCTGGCATTAATAACGGTTTCCGCACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGc < 1:974726/250‑1 (MQ=255) gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTT‑GCCCGGGTTCGCCCCCCCGGC‑CTTTAACCG‑‑A‑CCCAGGCGGGGC‑G‑CAACcccccccc > 1:1136509/1‑250 (MQ=255) gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTTCCGGTCCGCCCCCCGGG‑CCTTTACCGT‑A‑CCCCGGCGGGCC‑G‑GAACCTcccccc > 1:823239/1‑250 (MQ=255) ttttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑GCTCTCGTTTCGCCCCCCCAG‑TTTTTACCGC‑A‑TCCACGCGGGCA‑G‑CAACCTccccccc > 1:376129/1‑249 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCt < 1:270076/250‑1 (MQ=255) ggTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑TTTCGCGGTTCGCCCCCCCCG‑CTTTTACCGC‑A‑CCCCGGGGGGCG‑GCAAACCCCCCCCCCCTTTTTTccccggtattc > 2:575647/1‑243 (MQ=255) gTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTTGCGGGG‑TTT‑TCTCGCGTCCCCCGCCCCGCG‑CTTTACCCTC‑A‑CCC‑GGCGGGGC‑G‑TAATCTCCCCCCCGCTCTTTtccccccccatca > 2:797832/1‑241 (MQ=255) cacCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCCGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCCCCCGGTTTTTTCCCCCGATATCgaaaatccc > 1:1188483/1‑243 (MQ=255) cTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGcc < 1:549184/250‑1 (MQ=255) cTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑GCTCGCGGTCCCCCCCCCCTG‑CTTTTACCGG‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCCGTTCTTTTCCCCGATATCCAGA‑TTCCAGcc > 1:376227/1‑250 (MQ=255) cAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCccg < 1:188129/249‑1 (MQ=255) tattggcgggCGTTCGTTCGCGATAATGTTTTTCGGCTCTTTTTTTATTTGCTGCAAGCCCGTTTTTACCGCGGCCTGGGTTGC‑CCCCTCCCGGTACGGGCGGGCTCCCCTGCCAGCCAGAATTTGGC‑GGG‑TTT‑GCCCGCTTCCCGCCGCCCGTG‑CTTTACCCGT‑C‑CCCAGGGGGGCA‑G‑TACCCCCCGCCCGATTTTTCCCCCAGATATCGAGT‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGgtg < 2:482572/242‑1 (MQ=255) tGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑TCTCGCGGTCCGCCGCCCCCGCCTTTAACCG‑‑A‑CCCCGGCGGGGA‑G‑TAACCCCCGCCCCGCTCTTTTCCCCCATATCCAGA‑TGGCAGCCCCCCCCTTACACCAAAGTACCCTTTGTGTTCCCCg > 2:164539/1‑250 (MQ=255) tGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGATGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑TCTCGCGGTCCCCCGCCCCCGCCTTTACCCGC‑A‑CCACGGGGGGAG‑G‑GAACC‑CCCCCCCCTTTTTTCCCCCCATATCGCGA‑AGGCAGCCCCCCCGTTAGCCCAAAAAACCGGTGGTGTagcccg > 2:356713/1‑245 (MQ=255) cgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑TGTCGCCGTCCGCCCCCCCTG‑CTTTTACCCT‑ACCCCAGCGGGGCG‑G‑AAACCCCCCCCCCTTCTTTTCCCCACAATCCGGAA‑GGCCACCCCCCCCTTAACCCAAAAAACCCCTGGGGGTACCACAGGCgggcgtcac > 2:1041759/1‑244 (MQ=255) tttCTATTTACTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCTTGGGTTTC‑CCACCCCCGGTACGGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑TTTTAACCGT‑C‑CCAAGGGGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCagag < 1:273065/249‑1 (MQ=255) agcccGTGTTAACCGCCGCCGGGGTTTG‑CCACTCCCAGAACGGGGGGGCTCCGCGGCCAGCCAGCAGTGGGC‑GGT‑TTT‑GCCCGCGTCCCGCCGCCCTTG‑CTTTACCCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TACCCCCCGCCCTATTCTTCCCCCAGATATCGAGA‑GGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTaa < 2:32964/247‑1 (MQ=255) gACGGTGTTTACCGCCGCCTGGGTTGC‑CCACCCCCAGTCCAGGGGGGCGCCGCGGCCAGCCGGCAATGGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCTTCCCCCCCCCCGTT‑TTTTACCCGT‑C‑CCCGGGCGGGCA‑G‑TACCCCCCGCCCGTTCCTTCCCCCAGATATAGAGA‑TCCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAg < 2:120078/250‑1 (MQ=255) cccccgggTTTGCCCCCCCCCAGGCCGGGCGGCTTCCGCTGCCGGCC‑GTCATTGGG‑GGG‑TTTGGCCCGC‑TTCCCCCCCCCCTT‑GTTTAACCGT‑C‑CCCCGGGGGGCAGG‑TACCCCCCCCCCTTTTTTTCCCCCAGTAAGGGAGA‑TGCAGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACAt < 2:605255/245‑1 (MQ=255) 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cACCCCCAGTAAGGGCGGGCTCCGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGT‑TTG‑GCTCGCTTCCCGCCGCCCGTG‑TTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGAA‑G‑TAACCCCCGCCCGTTTCTTCCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCa < 1:177637/250‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCg > 1:810852/1‑250 (MQ=255) cTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑GTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCCGATATCGAGA‑TGCCAGCCCCCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGGGTACCACGGGCCGGGCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCCGAGCAAACGGCCCCACTACGCCCTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAATCGAC‑CTGCg > 2:35204/1‑250 (MQ=255) g‑TTT‑CCTCGCTTTCCCCCCCCCGTG‑TTTTACCCGT‑A‑CCCAGGCGGGAA‑G‑TACCCTCCCCCCGTTTTTTCCCCCAAATATGGGGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAATGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTg < 1:606910/250‑1 (MQ=255) gtttcccTCGCTTCCCCCCCCCCGT‑‑CCTTAACCCT‑ACCCCGGGGGGGCA‑G‑TCCCCCCCCCCCTTTTCTTCCCCAGGTTCCCGAGG‑TGCCACCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACt < 2:964753/244‑1 (MQ=255) gttgccccgcgTCCCGCCGCCGGTG‑CTTAAACCGT‑C‑CCCGGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCCCCCGATTTTTCCCCCAGATAGCGAGA‑GCCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTg < 1:378126/243‑1 (MQ=255) t‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCt > 1:480946/1‑250 (MQ=255) cTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTc > 1:769700/1‑250 (MQ=255) tCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCg > 1:313270/1‑250 (MQ=255) 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cgccCGTG‑CTTTAACCGT‑C‑CCCAGGCGGGGA‑A‑TACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATACCGAGA‑TCCCACCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCa < 1:606192/250‑1 (MQ=255) cGTG‑TTTAACCCGT‑C‑CCCAGGGGGGAA‑G‑TACCCCCCCCCCGATCCTTCCCCCAGATATCGAGA‑TCCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagcta < 1:390268/250‑1 (MQ=255) cGTG‑CTTTCACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑CAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGTGA‑CGCCACCCCGCCTTTACGCCAAAAGTACCGTTGGCGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCCAACGGCCCCCTTAAGCCTTCTGCCGACCTTTTTTGCCGCTCCATACCCTCCGGAAAGGCGATCCCGCGG‑CCCTCCTGCGTTGGCACTGCCGTCGCCtcgcactccgccc > 2:470434/1‑238 (MQ=255) cGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagc > 2:645250/1‑248 (MQ=255) cTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGCGTACCACTGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGTCCCATTAAGCCTTCTGCCCACCTTTTTTGCCCCTCCATAACTGCCGAAAAGTCGCT‑CTGCCGCACATCTTGAGTGGCCACTGCCTTCGACCTGGCTTTAGCTAGCTg > 2:658497/1‑250 (MQ=255) tAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCCGGGCTTCAGCTAGCTGAAt > 1:844599/1‑250 (MQ=255) cA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCCTATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCCACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTg > 2:997035/1‑250 (MQ=255) a‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGACCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTAGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGAGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTg > 1:1031719/1‑249 (MQ=255) cTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCCTATcc > 1:987460/1‑250 (MQ=255) | GGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTG‑CCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGG‑TTT‑GCTCGCGTTCCGCCGCCCGTG‑CTTTAACCGT‑A‑CCCAGGCGGGCA‑G‑TAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGA‑TGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGG‑CCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAT‑CTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCC > NZ_CP009273/2221509‑2222002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |