Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,319,929 | 0 | T | G | 35.9% | 175.9 / 46.6 | 92 | G114G (GGT→GGG) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/54); new base G (33/0); total (38/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-20 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCC‑TGATGTGC‑GCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGGCGCTACATTCACAGCGTAAAGCGGCAGCCGCAATTGAGTCCGGTGCTTTTA > NZ_CP009273/2319683‑2320176 | aGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGGATg > 1:1092351/1‑250 (MQ=255) aGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGGATg > 1:496193/1‑250 (MQ=255) ttAAAGCCGCCGTTGAACGTGCAAAAAACGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGTATGGaaaa < 2:593626/250‑1 (MQ=255) ttAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGTATGGaaaa < 1:476278/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |