| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP009273 | 3,837,579 | 0 | T | G | 31.0% | 248.7 / 11.0 | 113 | F86V (TTT→GTT) | adeD | adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/59); new base G (35/0); total (54/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.63e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AATTCTATTAACCATAAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGA‑TGACGCC‑GGTCACTTTTGAAACCGCT‑ACCCTGCCG‑CGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTT > NZ_CP009273/3837330‑3837827 | aatTCTATTAACCATAAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGt > 2:562272/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |