Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,203,693 | 0 | A | C | 31.5% | 182.7 / 18.1 | 92 | V120G (GTG→GGG) | yjaB | acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/15); new base C (0/29); total (48/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTCGCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAA‑CCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTAACCGCGACCCACAACGGCGCTTCCGGCAGGAAGGAACGAACTAGGTCCTC > NZ_CP009273/4203444‑4203934 | gTCGCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCa > 1:288666/1‑250 (MQ=255) gCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGTGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCTACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACct > 1:690182/1‑250 (MQ=255) cTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTAGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACctt < 2:77457/250‑1 (MQ=255) ggggCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACcttct > 1:601818/1‑250 (MQ=255) gggCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACcttctt < 2:726764/250‑1 (MQ=255) gCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTta > 2:154736/1‑249 (MQ=255) aaCGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACcttcttc > 2:178941/1‑246 (MQ=255) tAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTACCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAA‑cc > 2:836931/1‑249 (MQ=255) aaTGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTATAGAA‑ccc > 2:553038/1‑249 (MQ=255) aaTATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGG‑TACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATTGGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATACGCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTCACCTTAAAACCCACCTTCGTATAGAA‑CCCACCCGc > 2:100455/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |