| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP009273 | 1,155,293 | 0 | A | G | 32.2% | 116.2 / 10.5 | 59 | I572T (ATC→ACC) | fhuE | ferric‑rhodotorulic acid/ferric‑coprogen receptor FhuE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/33); new base G (19/0); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGTTTT > NZ_CP009273/1155053‑1155542 | acacCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGGTGCTGCCGGGGGTAgggggtc > 1:445911/1‑245 (MQ=255) 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cccATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCa < 2:38411/250‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGGTAGGGGTACCGGTGGGCTGAGCGGCATTTTCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGGTAACGTGGGGGGCAGACGGC‑T‑ATTCATCCCGTCCGGTTTCAGACCCCGCTCGTAGTTGTTAACGGGGATTTGGGCCCGATA‑TTTTCCTGAACTGTCACGATCATTTTGTGGGTGGGGAAAAGAGGGATAGCTGGCGGAGGTCGGACAGTTGtttt > 2:453398/1‑247 (MQ=255) tataGGCTGTTTCGCCGTTTCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCATACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGAAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAAGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAac < 1:82412/248‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAg < 2:464512/250‑1 (MQ=255) ccGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCgtggtgt < 1:712857/250‑1 (MQ=255) ggATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGtt > 1:517333/1‑250 (MQ=255) gATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGttt > 2:550146/1‑250 (MQ=255) aTAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGtttt > 1:712450/1‑250 (MQ=255) | ACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAAT‑ACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGC‑T‑ATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATA‑TTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGTTTT > NZ_CP009273/1155053‑1155542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |