Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 748,581 | 0 | T | A | 40.8% | 59.3 / 27.6 | 49 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | fimbrial protein/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/6); new base A (0/20); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGAC‑TACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACCAGAG > NZ_CP009273/748333‑748830 | cTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGAC‑TACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTA‑TTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCAtata > 2:404875/1‑249 (MQ=255) 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CTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGAC‑TACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACCAGAG > NZ_CP009273/748333‑748830 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |