Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,199,799 | 0 | C | A | 34.0% | 70.4 / 18.6 | 54 | intergenic (‑184/‑23) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/22); new base A (5/13); total (19/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAG > NZ_CP009273/3199555‑3200037 | cGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATa < 2:296259/250‑1 (MQ=255) tgtgAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑GATTTTTTCTAACAAAAACa > 1:27774/1‑249 (MQ=255) aCGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGA‑G‑AATTTTTCCCGACAAATACAAAAACt > 1:616719/1‑250 (MQ=255) gATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTgg < 1:534877/250‑1 (MQ=255) tttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAg < 2:397247/250‑1 (MQ=255) ttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATCGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑TATTTTTTCACAAAAAAACAAAAACTGGaat > 1:247508/1‑248 (MQ=255) ctagcaggtccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGGTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCTATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGtt < 2:642959/240‑1 (MQ=255) cTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑TATTTTTTTTGACAAAAACAAAAACAGTAGTTg > 1:412821/1‑250 (MQ=255) ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCatgatg < 2:178741/249‑1 (MQ=255) cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCg < 1:413496/249‑1 (MQ=255) tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGta < 2:104602/247‑1 (MQ=255) gCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGtaataa < 2:562291/249‑1 (MQ=255) gCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAAATGGAGTTGGCATGATTA‑GCGAAAGAAATAAACAACAg > 1:326281/1‑249 (MQ=255) ccAGCTAGTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTCGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCGCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGc < 2:608374/250‑1 (MQ=255) aGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAg < 1:172776/250‑1 (MQ=255) tCGTTAATTATCCGAAGTTGTGACAAGCGCAGTGTATGTAGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTATGACGCAATA‑TTCATTCTTATTTTAGCGTTGATTCACGAACTGTTAATAATATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTAGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAATGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGa < 2:267678/250‑1 (MQ=255) aTCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑GAATTTTTTAAACACATAAAAAAACAGGAGTTGTCCTGTTTA‑GGGGAAGAAATAAAAAACAGACAA‑AGAATAAATTGACagaacatg > 2:447097/1‑245 (MQ=255) tAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCTCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑Acc < 2:519859/250‑1 (MQ=255) tATTTCGCAAAACTTTGCCTTTCCCTGCTCTGGCGATATT‑TTCATTTTTATTTTCGCTTTGATTCACGAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCAAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGAttt < 2:467126/249‑1 (MQ=255) tttCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑GAAATTTTTCCAGA‑AAAAAAAAAAAAAGGGGGTGGCATGATGA‑GGGGAAGAAAAAAAAAAAAAGAAG‑GGAAAAAATTGAAAGAGAGTGGCGCTAAATTT‑ATAC‑CCATGAttttt > 1:217712/1‑247 (MQ=255) tgaaaaacCATTGCCATCCCCGGCTGTGGCG‑AATATTTCATTTTTTTTTTCGGGTTGATTCACAAACTGTTAATTAAATATTCAGGGTGAAAAAAAATAAAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑A‑AATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAAAAAGTTGAAAGAGATGGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTAc < 2:188088/245‑1 (MQ=255) tttGCCATCCCTTGTCCTGGCACAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCAGGGTGGAAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCt < 2:138277/249‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCTCGTTGATTCACGAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGGGGCGGT‑A‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAACCTGGAGTTGCCTTAATGA‑GCGAAAGTAAAAAGCACCAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTA‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCtgatg < 1:90434/250‑1 (MQ=255) tGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCCGACAAAAAAAAAAACTAGAGTTGCCATGATGA‑GGGAAAGAAATAAACAACAAGCAG‑AGAATAAAATGAAAGAAAATGTTGCTAAATTT‑ACCG‑CCCTGATTTTTACCCGAATTCCCGATTACgtggtg > 1:193124/1‑250 (MQ=255) ctctGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTTAAAAAAATACAAAAAAAGGGGTTTCCATGGTGG‑GGGAAAGGAATAAGAAAAAAACAA‑TGGAAAAGTTAGGAGAGAATGTCGGTAACTTT‑ATCGCCCTTGTTTTTTACCCAAATACCttttggtgggggg > 2:522448/1‑237 (MQ=255) tGGCGAAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGAt < 1:175540/248‑1 (MQ=255) gcgcAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATaa < 1:595268/248‑1 (MQ=255) tcattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAACTGGAGGTTTCATGATGA‑GCGGAAATAATAAACAACAAGCAG‑TGAATAAAGTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑TACG‑CCATGATTTTTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGc > 1:545127/1‑250 (MQ=255) tttATTTTCGATTTTATTCAAGAACTGTTAATTACATATTCGCGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGATA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGAAAAAAACAAAAACGGGAGTTGCAATGATGA‑GCGAAAGAAATAAAAAACAGGCAG‑TGAATAAGTAGACAGAATTTGTCGCTAACTTA‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTaaa < 2:553749/248‑1 (MQ=255) aTTTTCGCGTTGATTCACGAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCTTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAg < 1:410853/247‑1 (MQ=255) ttttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCAAGAAAATAAAAAAAATGGAGTTGGCAGGAGGA‑GGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAG‑GGGAAAAGATGGAAAAGAATGGTGGTAAATTT‑TTCG‑CCATGAATTTTAACCGAAAGGCGTATGGCGGGGGGGGTGAACTAAAAAAgacaaaagaag > 2:454499/1‑240 (MQ=255) gcgTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AAATTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGAGGTGCCATGATGA‑GCGAAAGAAAAAAACAACAGGGAG‑TGAATAAATTGACAGAGATTGTCGCTAAATTT‑ACCC‑CCCTGATTTTTACCCCAAAGACTGGTGACGGGGGGGGTAAAATAAAAAAGCTAAAAGAAGCCGa > 1:512105/1‑249 (MQ=255) tCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGTGG‑AATTTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACT‑GAGTTGGCATGATGAGGGGAAAGAAAAAACAAAAAGCAAG‑GGAAAAATTTG‑CAGAGAATGTTGCTAAACTT‑ACCG‑CCATGATTTCTTACCCAAAGCCTGGAGACGTGGGGGATAAAATCAAAAAGACAAAAAAAGCCGAAAcatcggc > 2:463924/1‑248 (MQ=255) tCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGAGGTGGCATGATGA‑GCGGAAATAAAAAAAAAAAAGCAG‑AGAATAAAATGAAAGAGAATGTTGCTAACTTT‑ACCG‑CCCTGATTTCTATCCGAAAGCCTGATGACGTGGGGGATAAAATAAAAAAACTAAAAGAAGCCGGAACgtcgtc > 2:598738/1‑250 (MQ=255) aaCTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCCGACAAAAACAAAAACTGGAGGTGGCATGATGA‑GGGAAAATAATAAACAAAAAGGAG‑TGAATAAAGTGAAAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCCTGATTTCTACCCGCATGCCTGATGACGTGGGGGGTAAAATAAAAAAGCTAAAAGATGACGAAACGTCGTCGGTgg > 1:435118/1‑250 (MQ=255) ttACATATTCAGGGTGGCAAAAAATAAAAAACCAA‑TTTTGGAGGGGAT‑GTTTGGGGTGGT‑G‑AATTTTTCCAAACAAATACAAAAGCGGGAGTGGCCATGAGGG‑GCGAAAGTAATAACCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTAACAGGGATTGTCGCTAATTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTa < 2:57271/250‑1 (MQ=255) tCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGTGG‑AATTTTTCC‑GAAAAATACAAAAAATGGGGGTTCCATAATGA‑GCGGAAATAATAAACAAAAAGGAG‑TGAAAAATTTGACAAAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTTTACCCGAAATCCTGATGACGTGGTGGATAAAATAAAACAAATAAAAGATGCCCAAACGTCGTCGATTGGGGAAAATATTTACCa > 1:213716/1‑249 (MQ=255) cagggTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGGGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCAt < 1:403793/246‑1 (MQ=255) cACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAAATGGAGATTCCATTATGA‑AGGAAAGGAATAAAAAAAAGGCAG‑TGAATAAATTGAAAGAGATTGTCGCTAAATTT‑ACCC‑CCATGATTTTTACCCCAAAGCCCGATGACGTGGGGGGAAAAATAAAACAACTAAAAGAAGCCGAAAACGCGTCGGAGGGGGAAAATAACTAACAt > 1:375116/1‑249 (MQ=255) gggaaaaaaaaaaaaaaCACAATTTTTAGGGGTA‑TTTTGGGGGGGG‑A‑AATTTTCCAAAAAAAAAACAAAAACGGGAGTTCCCAGGATGA‑GCAAAAGAAAAAAGCAACAGGCAG‑TAAATAAGTGGAAAGAGATTGTCGCTACTTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATg < 2:545127/247‑1 (MQ=255) 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c‑aTTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGc < 1:227093/250‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTGGTA‑GTGTGGGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCg < 2:512105/250‑1 (MQ=255) ggTTTGTGGGTGG‑A‑AATTTTACCAGCAAAATAAAAAAGCGGGGGTGACCATGAGAA‑GCGAAAGAAATAAGCAGC‑GGCGGTTAAATAGGTTAAGAAATGTTGTC‑ATATGTTTAACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGAGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAAt < 2:132036/249‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGT‑A‑AATTTTCCCAGAAAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGA‑GCAAAAGTAAAAAGCAACGGGCAG‑TAAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCg < 2:582587/249‑1 (MQ=255) ggggggT‑G‑ATTCTTTCAAGAAAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGAGGA‑GCAAAAGTAATAAACAACCGGTAT‑TGAATAGGTTAACAGAAGTGGTCGCTACTTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcc < 2:52940/245‑1 (MQ=255) ggCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGAATGACCTGAATCGTactg > 2:577248/1‑250 (MQ=255) t‑G‑AATTTTTCAAAACAAATACAAAAACTGGAGTCGCCATGAGGG‑GAAAAAGTAAAAAGCAACAGGCAG‑GAAATAAGTTGACAGAGATGGTCGCTAATTTA‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGt < 2:193124/250‑1 (MQ=255) tttttCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGCAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGTTGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATCCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAg > 1:535070/1‑249 (MQ=255) | CGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATA‑TTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTAGTGGTA‑GTTTGTGGCGGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAG‑TGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCG‑CCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAG > NZ_CP009273/3199555‑3200037 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |