Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 32.1% | 109.3 / 17.3 | 53 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/3); new base A (0/17); total (33/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGA > NZ_CP009273/3658814‑3659306 | aaaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGc > 2:220385/1‑249 (MQ=255) aGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaa > 2:241843/1‑249 (MQ=255) aGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaa > 1:588280/1‑249 (MQ=255) tGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTACATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAgg > 2:210660/1‑250 (MQ=255) ttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCAcctc > 1:226898/1‑248 (MQ=255) tACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGc > 2:25972/1‑249 (MQ=255) cGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCAt > 1:32315/1‑250 (MQ=255) cGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCAAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCa < 2:492823/249‑1 (MQ=255) tCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGc > 1:343706/1‑250 (MQ=255) cATAGGAAAGATTTTTATTCTGAGATAGTTGCGCAACTTCCTAAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGAAAGGAAAAAATTTTTTTATGTGAATGAAAATTTAATGCCTCCTCTTTGAGAATGGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAA‑AAATTTT‑TCAACACACTTAT‑CTCCTCAAATTTGGCTGGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGata < 1:486885/250‑1 (MQ=255) cATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAACAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGCTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAACAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGata > 2:525452/1‑250 (MQ=255) tAGCGAATATTTTTATTCTGCGATAGTGGCGCAACTTCCTAAAAAACAGAAATATCTCTACTACAGAGATAAAAGATTAATAAAAAATTTTTTTTATGTGAAGAAAAATTTAATCCCCCCTCCTTGAGCAGGGGAAAAAATAATGAAGGCGTCCCCCTTGACACAAATAA‑AAAATTT‑CAAACCCCCTTAT‑CTCCTCAAATTTGGCTTCCACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:320510/250‑1 (MQ=255) aTTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg > 2:249039/1‑250 (MQ=255) ttCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATgg > 2:550379/1‑250 (MQ=255) gATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGaa > 2:367843/1‑250 (MQ=255) gTTGCGAAACTTCATAAAAAACAGGAATATCTCTACAACAGTGAGAAACGAAAAATAAAAAATTTTTTTTATGTGAATGAAGATTAAATCCCCCCTCCTGGACAATCGGAAAAAATAAGAAAGGCGTGCCCTTTAACAAAAAAAA‑AAAATTT‑ACACCACACTTAT‑CTACTAAATTTTGGCTTGCACCCGAAAAAACCAGGTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatat < 2:523070/249‑1 (MQ=255) ctaaaaaaCAGAAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAAAAATTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAA‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCAATTTTGTTTTGCATCCGCAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCa < 1:193829/247‑1 (MQ=255) aaaaaCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATAc > 1:130279/1‑250 (MQ=255) aaaaCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACg > 1:20839/1‑250 (MQ=255) aaaCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACg > 1:8835/1‑249 (MQ=255) aaCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc > 1:4071/1‑249 (MQ=255) aaCAGAAATATCTCTACTAAAGTGATGAACGAGAAATAAAAAAATTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCCCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAAAAATAAAAGCTTGTCCCTTGACAAAAATAC‑AAATTTT‑TAAACACACTTAT‑CTCCTCGATTTTGGCTTGCACCCGAAAAACCAAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGACATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCa < 1:133170/250‑1 (MQ=255) aaaaaacAGGGATGAAGTAGTAAGAAAAAAATTTTTTTAGGTGAATGAAGATTAAATGCCTCCTCTTTGAGAATGGGAAGAAATAATAAAAGCGTTTCCTTTGACACAAATAA‑AAATTTC‑TAAAAACATTTAT‑CTACGCGAATTGGGCTTGCACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTc < 2:332340/244‑1 (MQ=255) ctacattattgaACGAGTAATAAAGAATCTTTTTTAGGTGAAGAAAATTTTAATGCCTCCTCTTTGAGCAGCGGGAAAAATAAGAAAAGCTTCTCCCTTGACACAAATAC‑AAATTTT‑TAAACACCCTTAC‑CTACTCGATTTTGGCTTGCACCCAAAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCa < 2:542867/240‑1 (MQ=255) gaACGAATAATGAAAAAATTTTTTTATGTGCATGAATATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCAAGGGGAAAAAAAATGAAAGCGTGCCCCTTGACACAAATAA‑AAAATTT‑CCAACACCCTTAT‑CTACTCAAATTTGTCTTCCCACCCAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTg < 1:263527/250‑1 (MQ=255) aaTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGtt > 1:10191/1‑249 (MQ=255) atcTTTTTATTGTCAATAAAGATTAAAGCCCTCCCCGTTGAGCATGGGGAAAAATAATGAAAGCGTTCCCCTTGACAAAAAAAA‑AAAATTT‑TCACCCCTCTTAT‑CTCCACAAATTTGGTTGGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAata < 1:342452/248‑1 (MQ=255) tATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATa > 2:465369/1‑249 (MQ=255) 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tAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttat > 2:103889/1‑250 (MQ=255) atcccccctcctAGAGCGAGGGAAAAAAAAATAAAAGCGTTCCCCTTAACAAAAAAAA‑AAAATTT‑ACACCACATTTAT‑CTACTAAATTTTGGTTTACAACCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttatt < 2:567845/243‑1 (MQ=255) cccctcctTGAGCATCGGAAAAAAAAATGAAAGCGTTTCCCTTAACACGAAAAC‑AAATTTT‑TCAACCCACTTAT‑CACCTCAAATTTGCTTTGCACCCGAAAAACCCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGt < 1:13179/248‑1 (MQ=255) 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taaaaaTTTCTCAACACACTTAT‑CTCCCCGATTTTGGTTTGCATCCAAAAAAACCAGTTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAg < 1:520240/248‑1 (MQ=255) aaaaTTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCgg > 1:59799/1‑250 (MQ=255) aaaaTTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCgg > 1:449510/1‑250 (MQ=255) 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tACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAACGGGAGAACAGGATGATAAtgtgt > 2:468061/1‑250 (MQ=255) ctctAATTTGGCTTGACCCCGCAAAACCCAGCTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAAtgtgtg < 1:423508/249‑1 (MQ=255) gAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGt > 1:521014/1‑250 (MQ=255) 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AAAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAC‑AAAATTT‑TCAACACACTTAT‑CTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGA > NZ_CP009273/3658814‑3659306 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |