| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,725,084 | 0 | G | A | 28.7% | 170.7 / 13.8 | 80 | L198L (TTG→TTA) | xylF | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/13); new base A (0/23); total (44/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTT‑AAAA‑CC‑TT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAATACTGCCGCAGAAATTGCCGTTGAGT > NZ_CP009273/3724837‑3725331 | ttAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTT‑AAAA‑CC‑TT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGaa < 2:355771/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |