| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP009273 | 4,277,647 | 0 | T | A | 30.9% | 112.5 / 24.6 | 55 | intergenic (‑348/‑45) | acs/nrfA | acetate‑‑CoA ligase/ammonia‑forming nitrite reductase cytochrome c552 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/3); new base A (0/17); total (35/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTT‑ACACATA‑GGGGCGAGCAATGT‑CATGACAGTGTAGGTGCGGTTACT‑GTCGTGAAAAACAATAAAAACCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTT > NZ_CP009273/4277405‑4277889 | gAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTT‑ACACATA‑GGGGCGAGCAATGT‑CATGACAGTGTAGGTGCGGTTACT‑GTCGTGAAAAACAATAAAAAcc < 1:222286/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |