| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NZ_CP009273 | = 3794226 | 0 (0.000) | coding (100/699 nt) | rfaY | lipopolysaccharide core heptose(II) kinase RfaY | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCAATTTACCGTAATCGGTATCAATAAGCATAACTTTTGTATCATCAATAGAACGAAAAACCTTGATGATATTTATATTATAAGACAAGAAGTCATTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGG > NZ_CP009273/3793983‑3794468 | cAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCAATTTACCGTAATCGGTATCAATAAGCATAACTTTTGTATCATCAATAGAACGAAAAACCTTGATGATATTggtgat > 1:446064‑M2/1‑244 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |