Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 32.0% | 297.0 / 47.7 | 128 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/11); new base A (0/41); total (76/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-23 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAG‑CGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGATGACT > NZ_CP009273/3658814‑3659311 | aaaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAG‑CGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGc > 1:609314/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |