| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,538,640 | 0 | A | C | 32.2% | 135.1 / 11.4 | 59 | T6P (ACC→CCC) | fimH | type 1 fimbria D‑mannose specific adhesin FimH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/12); new base C (0/19); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGT > NZ_CP009273/4538391‑4538889 | attatAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGttatta < 2:379375/250‑1 (MQ=255) ttatAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTAc < 1:43095/250‑1 (MQ=255) taAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTAccc < 1:415254/249‑1 (MQ=255) aaaaaCCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTg < 2:266159/250‑1 (MQ=255) aGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTg < 1:376489/250‑1 (MQ=255) ggACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTAc > 2:187247/1‑250 (MQ=255) aTCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGACACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTgg > 1:532688/1‑250 (MQ=255) tCCAGTTAGAGCTACAGGAAGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGt < 2:389526/250‑1 (MQ=255) aCAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGTCTg > 1:616461/1‑250 (MQ=255) cAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGTGCTGGTCGGTAAATGCCTgg > 2:358/1‑250 (MQ=255) aCAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTc < 1:380293/249‑1 (MQ=255) aCAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTc < 2:274565/249‑1 (MQ=255) ggCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTg > 2:11791/1‑249 (MQ=255) 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cccAAAGTGATAATTAAAAGGAAACGAGTTTTTCCCATTTTTGCTGAACTGCTAATGGGCTGGTCGGAAAGTGCCTGGTCATTCGCTTGAAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTca < 1:400228/250‑1 (MQ=255) cGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGAGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGCCGGGAATGT‑GGGGGAAAAACTGGGCGTGGGTCTTTCGACGCGAAACTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAAACTATGTcaca > 1:428651/1‑250 (MQ=255) gAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAAGTTTTTGTAAAACCTTCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAAACTGGGCGTGGGTCTTTTGACGCCAAACTTTTTCCATAAAGATTATCCGGGAAACATTACAGACTATGttccaa > 1:281924/1‑245 (MQ=255) atgatTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAAGTTTATTTAAACCTTGCGCCCGTCGCGAATGT‑GGGGGGAAAACTGGGCGTGGGTCTTTCGACGCAAATCTTTTTCCATAACGGTTATCCGGGAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAAc > 1:369842/1‑250 (MQ=255) aaCGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAACCTGGGCGTGGGTCTTTTGTCGCAAATCTTTTTCCCTAACGATTTTTCGGAAACCCTTTCAGACTCTTTTCCACTTCAAAGAGGCTCGGCttt > 1:526408/1‑249 (MQ=255) attaCCCTGTTGGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATggcggc < 1:293345/249‑1 (MQ=255) aCCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCATCGCCCAAGTTTTTTTAAACCTTGCCCCCCGCGTGAATGT‑GGGGGAAAACCCGGTCGTGGAACTTTTGTCGCCAAACTTTTTTCATTACGATTATTCGGGAACCAATACAGACTATGTTACACCGCAACGAAGCTCGGCCTCTTgcggcgctg > 2:326233/1‑247 (MQ=255) | ATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACA‑GGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGC‑GGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTA‑CAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGT‑GGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGT > NZ_CP009273/4538391‑4538889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |