| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,240,703 | 0 | G | T | 31.2% | 105.8 / 11.1 | 48 | E30* (GAA→TAA) | BW25113_RS06225 | protein YcgY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/23); new base T (14/1); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGCG‑CTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAG‑ATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTA‑CGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCG > NZ_CP009273/1240454‑1240945 | gATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGCG‑CTTATTg < 2:623848/250‑1 (MQ=255) tACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAACTGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTTGGCGCG‑CCTTTTGGACagt > 2:149081/1‑246 (MQ=255) ccGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTTGCGTTG‑CGTATTTAGAATTTTGAAttttt > 2:534437/1‑247 (MQ=255) ccGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGCG‑CTTATTGAACATTTAGAATTGAt < 1:533342/250‑1 (MQ=255) 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aGGCGG‑TTTTGGCTGCG‑CTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAG‑ATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTA‑CGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAAAACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACg > 2:416104/1‑250 (MQ=255) ggCTGCG‑CTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAG‑ATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTA‑CGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTaaa > 1:246746/1‑250 (MQ=255) g‑cTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAG‑ATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTA‑CGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGTTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCATAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGTCAGCACTTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCg > 2:256884/1‑250 (MQ=255) | GATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGCG‑CTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAG‑ATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTA‑CGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCG > NZ_CP009273/1240454‑1240945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |