| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP009273 | 3,794,560 | C→A | G267V (GGT→GTT) | rfaJ ← | lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase RfaJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,794,560 | 0 | C | A | 99.4% | 662.2 / NA | 171 | G267V (GGT→GTT) | rfaJ | lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase RfaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (88/82); minor base T (0/1); total (88/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAGAAGAGTACTTTCTGTAATCAGCTTTTTATAGTTTTGATGTGTTTTGTCTTTTAATTCACTTTTAATTGTATAAATTGTATTGTACTCACGAGGCAAAAATAATGTCATCCCTTTCAGTAAGACATTCATAACATCCTGATCAGGGTATTTATAAACATTATCTTTACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAA > NZ_CP009273/3794315‑3794805 | ttctGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCAACt < 2:500885/248‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |