| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP009273 | 368,096 | 0 | T | G | 32.4% | 143.6 / 17.0 | 68 | L176V (TTA→GTA) | mhpD | 2‑keto‑4‑pentenoate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/41); new base G (22/0); total (27/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCATTCCTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGTTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGCGGGCGATCGTTTTGAAGCCCATATTGAAGGCATAGGTTCAGTTGCTGCGA > NZ_CP009273/367847‑368342 | aTCATTCCTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGt < 1:324309/250‑1 (MQ=255) tCATTCCTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGtt < 2:244210/250‑1 (MQ=255) ccTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGGTAGaac > 1:670382/1‑248 (MQ=255) ccTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGGCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGGTAGaac > 1:608214/1‑248 (MQ=255) tttCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGTTAGACCT‑Ga < 1:362842/249‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGGCCGGCGCACAGGACCGC‑GGGGGTAGGCCT‑Gaaaaa > 2:330519/1‑248 (MQ=255) cTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGTTAGACCT‑GAAAAACTGCGcc < 2:158793/249‑1 (MQ=255) acAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGGCCGGCGCCACCGCCGGC‑CGGGGTAGACCT‑GGAAAACTGCGCCCTg > 1:209732/2‑250 (MQ=255) aCCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAAAGTCCGGC‑GGGGGTTGACCC‑GAAAAACTGCGcccagaa > 1:675860/1‑244 (MQ=255) ccccGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACAGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGCGGGGTGTCTGTCATCGGCGGTCTCGGGCCACATCCTGC‑GGGGGTAGACAT‑GAGAAAACGCGGCATgcaaa > 1:569947/1‑246 (MQ=255) 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ccGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGGTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAAAGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGAtggt > 1:604693/1‑250 (MQ=255) tGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGGTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CCGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCCGAGATATCCTTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGGGGc > 1:754854/1‑250 (MQ=255) aCGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGTTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGc < 1:233389/250‑1 (MQ=255) 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cggc‑ggGGTTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGCGGGCGATCGTTTTGAAGCCCATATTGAAGGCATAGGTTCAGTtgc < 2:675860/250‑1 (MQ=255) gc‑ggGGTTAGACCT‑GAAAAACGGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGCGGGCGATCGTTTTGAAGCCCATATTGAAGGCATAGGTTCAGTtgctg < 2:504273/250‑1 (MQ=255) ggTTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGCGGGCGATCGTTTTGAAGCCCATATTGAAGGCATAGGTTCAGTTGCTGCGa > 1:549007/1‑249 (MQ=255) | ATCATTCCTTTTTCCCGTGTTCTGCAACCCCGCATTGAAGCGGAGATCGCACTGGTGTTGAACCGCGATTTGCCCGCAACCGATATCACCTTCGACGAATTGTATAACGCCATTGAATGGGTACTTCCGGCGCTGGAAGTGGTGGGGAGCCGCATTCGCGACTGGTCGATTCAGTTTGTCGATACCGTGGCAGATAACGCCTCCTGTGGGGTGTATGTCATCGGCGGTCCGGCGCAACGTCCGGC‑GGGGTTAGACCT‑GAAAAACTGCGCCATGAAGATGACGCGTAATAACGAAGAGGTTTCT‑AGCGGGCGCGGCAGCGAATGCCTGGGACATCCGCTTAATGCGGCCGTCTGGCTGGCACGCAAAATGGC‑CAGT‑CTGGGTGAACCGCTGCGCACCGGAGATATCATTCTTACCGGGGCATTAGGTCCGATGGTGGCGGTGAATGCGGGCGATCGTTTTGAAGCCCATATTGAAGGCATAGGTTCAGTTGCTGCGA > NZ_CP009273/367847‑368342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |