Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 748,581 | 0 | T | A | 32.7% | 101.7 / 17.0 | 55 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | fimbrial protein/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/7); new base A (0/18); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTC‑ATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NZ_CP009273/748336‑748826 | aaaaaTATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTC‑ATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaa > 1:656858/1‑249 (MQ=255) 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tgtgTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTAAAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGATGACGCGGACGGGCAATCTTCATTCCGTCCCTGTGCCTTTTTCTCCAGTGGGCGATCCCGCCAACGGTTCGTGCCCTTTCGAAAATGACTGTGAACATGGAAGACGGGATACCCACCGCttt > 2:822018/1‑248 (MQ=255) gaataaAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATAc < 1:657931/248‑1 (MQ=255) atatAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTTAAATATTTAAAACTTAGCAATCAACCCTTTACGCCTGTTATTGCTTTTAAAGTCGCGGTTTTCCTCTCCTTTATATAGCTGACGCTGCTGGGCAATCCTCATATCCTCACTGTGCATTTTTCTCCCGTGGGCGCCCCCGCCACCGGTCCTCGCCATTTCTAAAATGACGGTGGACATGGGAGACGGAATACCCCTCTCTTTCAGGGCGATAcc > 2:38561/1‑249 (MQ=255) | AAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTC‑ATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NZ_CP009273/748336‑748826 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |