| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,041,528 | 0 | A | C | 31.1% | 183.7 / 15.2 | 90 | V625G (GTA→GGA) | gfcD | YjbH domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/22); new base C (0/28); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATGTAATGTTATGAATTACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCGCCACGCCGCTGTCAAAGCGTTTGGCGACGTCGATCGTTGCGCCTTTATCTTTTGCCAGATATTGCCCAACGCTAAGTTTCATCAGTACGCCATTGAGCGTCGGCGGGTTCCAGTAAGCCGTCACGAAACCTGTTGGCGTGGAATAATCGGTGAAACGCATCATGTTGTCCCAGTCACGTTGCTTCACGTAGTTAACGTCCACACCCAGCGCCCAGCAGGCATCTAGCGGGCGATAAAG > NZ_CP009273/1041279‑1041775 | aatgtaatgtTATGAATTACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATa < 1:427943/250‑1 (MQ=255) taatgtTATGAATTACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATAcccc > 1:144707/1‑250 (MQ=255) taatgtTATGAATTACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATAcccc > 1:308091/1‑250 (MQ=255) ttATGAATTACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCg > 1:730095/1‑250 (MQ=255) ttACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCGCCAcgcc > 1:203276/1‑250 (MQ=255) ttACGTCAGGTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCGCCAcgcc > 1:458108/1‑250 (MQ=255) cAGTTTATTTTCCACCCGGTACTTCGCGCT‑CTCCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTTTCCACGAAACCCCCGC‑GCGGTTGCGGTTAGTTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATCCCCCT‑ACCGCCACGCCGCTg < 2:693224/248‑1 (MQ=255) ggTTATTGTCCAACCGGTACTTCTCGCT‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCGCCACGCCGCTGTCa > 1:769116/1‑249 (MQ=255) ccAACCGGTAC‑TCTCGGTCCGGCGGTCATTGGAAAGGGTTGTTATTTGCGTAACAGCATTTGTCACCCATCACGCGTAAATGGTGTCCACGAACCCACCGC‑GCGTTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAACCCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACTTTCCTGATTGCCGCCCATACCCCT‑ACCGCCACGCCGCTGTCAAAGCGTTTgg < 2:9221/250‑1 (MQ=255) cAACCGTTACTTCTCGCC‑CTGCCGTCATTGGATAGAGCTGGTATTTGCGTGACAGCATTTGTCCACCATCACGCGTCAATGGTGTCCACGAAACCACCGC‑GCGGTTGCGGTTAGGTCCAATGGTCATCAAGTCGAATGGAATCGAGATATAAAAACCTTTACTAAAGCCGCCTTCGCCGTAGTCATCTTTAGATACGTTACTGATTGCCGCCCATCCCCCT‑ACCGCCACGCCGCTGTCAAAGCGTTTgg < 2:199975/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |