| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,240,690 | 0 | G | T | 33.8% | 133.1 / 28.2 | 71 | L25F (TTG→TTT) | BW25113_RS06225 | protein YcgY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/36); new base T (24/0); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGC‑GCTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAGA‑TTAAG‑CCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGA‑GGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGA‑TTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGC > NZ_CP009273/1240442‑1240934 | tttCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTgg > 1:63899/1‑250 (MQ=255) ttCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTgg < 1:227797/249‑1 (MQ=255) aTAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTgc < 2:354716/250‑1 (MQ=255) gcagagaGCGAAACAGATGCCGCTATCCGCTTGCGCATCAGAACGTAAACTCGACACCTGCGTTACGGGTGAAAAAAAGCAATAGAGCGCTTCGGTATCCGATAAAATCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTTTTTCGTTGTTATTGGTGTGATGCAGAAGATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGC‑GCtga < 2:464410/244‑3 (MQ=255) 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TTTCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGC‑GCTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGCAGA‑TTAAG‑CCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGA‑GGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGA‑TTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGC > NZ_CP009273/1240442‑1240934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |