Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,221,729 | 0 | A | T | 35.1% | 73.7 / 17.7 | 58 | pseudogene (509/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/23); new base T (20/0); total (34/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAA > NZ_CP009273/2221482‑2221976 | tcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTaa < 1:527561/249‑1 (MQ=255) ccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTT‑CTCGC‑C‑TT‑CCCCCGCCCC‑TG‑CCTTTA‑ccc > 1:15130/1‑248 (MQ=255) ccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGAACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGt < 2:520665/250‑1 (MQ=255) cATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑TCCCCGCCCG‑TG‑CTTTTA‑CCGTAccccg > 1:844971/1‑248 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTT‑TTCTCGG‑TT‑CCG‑CGCCCC‑CG‑CTTTTA‑CCCGACCCCgg > 2:794557/1‑250 (MQ=255) tCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGc < 2:777740/250‑1 (MQ=255) tGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTG‑CTCGC‑G‑TT‑TCGCCCCCCC‑TG‑CCTTTA‑ACGTACACAAGC‑GGGc > 1:931799/1‑250 (MQ=255) 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ttAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTcccc < 1:393094/250‑1 (MQ=255) ttAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTcccc < 1:417877/250‑1 (MQ=255) aaTATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑a < 1:218451/249‑1 (MQ=255) aaTATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTG‑CTCGC‑G‑GT‑GCGCCGCCCC‑TG‑CTTTTA‑CCGTAACCCGGC‑GGGGA‑GTAGACT‑CCGCCCCA‑TTC‑TTTtccccc > 2:5710/1‑248 (MQ=255) tttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTG‑CTCGC‑G‑TT‑TCGCCGCCCG‑TG‑CTTTTA‑CCCTACCCAGGG‑GGGGA‑GGAAACC‑CCGCCCGC‑GTC‑TTTTCCC‑CGATA‑Tc > 1:554723/1‑247 (MQ=255) tCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTT‑CTCGC‑G‑GT‑CCCCCCCCCG‑TG‑CTTTTA‑ACGCACCCCGGC‑GGGCA‑GGAACCC‑CCGCCCCA‑TTC‑TTTTCCC‑AGATA‑TCGAGA‑t > 1:925999/1‑250 (MQ=255) cacaCCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑Tg < 1:144538/249‑1 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTTA‑CCGTACCCCGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCCA‑TTC‑TTTTCCC‑CGATA‑TCGGGA‑TGCC‑aa > 1:379569/1‑249 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑Ag < 2:245973/250‑1 (MQ=255) cTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CTGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGcc < 1:759253/250‑1 (MQ=255) tCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑GG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑CGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCccg > 1:950825/1‑250 (MQ=255) gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTT‑CTCGC‑G‑GT‑CCCCCCCCCGCGG‑CTTTAA‑CC‑TACCCAGGCGGGGGG‑GTAACCC‑CCCCCCCG‑TTT‑TTTCCCC‑‑GATA‑TCCAGA‑TTGC‑CGCCCC‑CCCTTTAG‑c > 2:186939/1‑250 (MQ=255) 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tGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCCCCGCCCG‑TG‑CTTTTA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCC‑CCGCCCCA‑TTC‑TTTCCCC‑ACATA‑TCGAGA‑AGCC‑AGCCCC‑CCGTTAAA‑CCAAAAGTA‑cccctcg > 1:354018/1‑245 (MQ=255) atatAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTT‑CTCGC‑G‑TT‑CCCCCCCCCC‑TG‑CTTTTA‑CCCGACCCCGGC‑GGGGC‑GTAACCT‑CCCCCCGC‑TTC‑TTTTCCC‑CGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AACCCC‑CCCTTAAA‑CCAAAAAGA‑CCCTTtgtg > 1:504990/1‑250 (MQ=255) cTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑GTTT‑CCCCCCCCCC‑GG‑CTTTAC‑CCGACCCCAGGC‑GGGC‑‑GGCACCT‑CCCCCCCACTTC‑TTTCCCC‑A‑ATATTCGAAA‑GGCC‑CCCCCG‑CCCTTATG‑CCAAAAGAA‑CCTTTggggaccac > 2:356348/1‑243 (MQ=255) cTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑GT‑TCGCCCCCCG‑TG‑CTTTTA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCC‑GGAAACT‑CCCCCCGG‑TTT‑TTTCCCC‑AGATA‑TCTAGA‑TGCC‑AGCCCC‑CCCTTTAG‑CCCAAAATA‑CCCTTTGGGGACCA‑c > 1:256083/1‑250 (MQ=255) tgcgcgtgagtGGTGTTCTTCTTTTTTTCTGTGTG‑CTGCAAGCCCGTGTTTCA‑CGCCGCCTGGTTTGCCCCCTCCCAG‑ACAGGGCGGGCTCCGCGGCCAGCCAGCAAGGGGG‑GGTTTTC‑CCCGC‑G‑TC‑CCGCCGCCCG‑TC‑CTTTAC‑CCGTCCCCAGGG‑GGGCA‑GAACCCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTCCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCg < 2:643124/240‑1 (MQ=255) cgcgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTT‑CTCCC‑G‑GT‑CCGCCGCCCG‑CG‑CTTTAA‑ACGCACCCCAGC‑GGGGAGGCAACCC‑CGCCCCCA‑TCC‑TTTCCCC‑ACA‑A‑TCCAGA‑AGGC‑CGCCCC‑CCCTTTAGACCAAAATAA‑CCCTTGGGGTCCAC‑CGGGCCggcgga > 2:104095/1‑246 (MQ=255) 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gggCGGGCTACGCTGCCAGCCGGCAATTGGC‑GGTTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TC‑CTTTAC‑CCGTCCCCAGGC‑GGGCA‑GTACCCC‑CCGCCCGA‑TTC‑TTCCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGaaa < 1:81966/249‑1 (MQ=255) tACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GAAAACT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑CGATA‑TCGAGA‑AGCC‑AGCCCG‑CCGGTAAG‑CCAAAAATA‑ACGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGGCGTACCTTCGGCCGGCACGGTCCGAGCAAACGGCCCCCTTAAGCCTTCTTCCGACCCTTTTTTCCGCGCCCTCTCCCCCGTAAAGTCGCTc > 2:636891/1‑250 (MQ=255) cccgcgcccacccacCAATGGGC‑GGTTTGC‑CTGGC‑C‑TT‑CCGCCCCCGC‑TG‑CTCTAC‑CCGTCCCCAGGT‑GGGCA‑TCACCCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTCCCCC‑AGATA‑TCGAGC‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATc < 2:589000/243‑1 (MQ=255) tGGC‑GGTTTTG‑CCCGC‑G‑TC‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAC‑CCGACCCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCC‑CCGCCCGT‑TTT‑TTCCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTg < 1:36408/249‑1 (MQ=255) c‑GGTTTGG‑CGCGC‑G‑TC‑CCGCCCCCCG‑TG‑CTTTAC‑CCGTACCCAGGC‑GGTCA‑GTACCCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTCCCCA‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCaa < 1:525121/250‑1 (MQ=255) g‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGCCGATCTGCGGCCCATCCTGAGTCGCAACCGCCtt > 2:315655/1‑250 (MQ=255) t‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGGCCCATTAAGCCTTATTCCGACATTTTTTGCCGCCCCATATCCGCCGACAAGTCGATCTGCGTAGCATCCTGAGGGGCAACCGCCTTCGCCTggg > 2:535790/1‑250 (MQ=255) t‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTggg > 1:758850/1‑250 (MQ=255) cgccgcCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCt > 1:586911/1‑250 (MQ=255) cgccgcCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGAGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCCAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACCTTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCt > 2:893526/1‑250 (MQ=255) ccccggtcTTTAACCCGCACCCGGGC‑GGGCA‑GCAACCC‑CCCCCCG‑‑TTC‑TTTCCCCAAGTAA‑CCGGGA‑TGCC‑GGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCa < 2:433544/243‑1 (MQ=255) ccG‑TG‑CTTTAA‑CCGTCCCCGGGG‑GGGCA‑TTACCCC‑CCGCCCGA‑TTC‑TTCCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑GCCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagct < 1:127918/250‑1 (MQ=255) ttAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGaa > 1:459223/1‑250 (MQ=255) | TCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTG‑CTGCAAGACCGTGTTTAA‑CGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTG‑CTCGC‑G‑TT‑CCGCCGCCCG‑TG‑CTTTAA‑CCGTACCCAGGC‑GGGCA‑GTAACCT‑CCGCCCGA‑TTC‑TTTCCCC‑AGATA‑TCGAGA‑TGCC‑AGCCCG‑CCGTTAAG‑CCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTACCA‑CGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAA > NZ_CP009273/2221482‑2221976 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |