Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP009273 | 3,199,811 | 0 | C | A | 36.8% | 89.2 / 37.2 | 79 | intergenic (‑196/‑11) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GG‑T‑G‑AATTTTTCC‑AGACAAATAC‑AAAAACTGG‑AGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGAC‑AGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGT‑CGTC‑GATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTA > NZ_CP009273/3199565‑3200053 | gATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GG‑TGG‑AATTTTTCC‑A‑ACAAATAA‑CAAAAATgg > 2:149452/1‑250 (MQ=255) 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GATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GG‑T‑G‑AATTTTTCC‑AGACAAATAC‑AAAAACTGG‑AGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGAC‑AGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGT‑CGTC‑GATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTA > NZ_CP009273/3199565‑3200053 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |