| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,033,556 | 0 | C | G | 33.3% | 95.5 / 14.4 | 61 | L200V (CTG→GTG) | msrP | protein‑methionine‑sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/34); new base G (18/0); total (20/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAA > NZ_CP009273/2033311‑2033803 | gcgAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGaa < 2:632626/250‑1 (MQ=255) cgAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGaaa < 1:269424/250‑1 (MQ=255) gAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGTTGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAat > 1:380564/1‑250 (MQ=255) gTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATc < 2:517701/250‑1 (MQ=255) gTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATc < 1:712071/250‑1 (MQ=255) tGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATcc < 1:765130/250‑1 (MQ=255) gCAAAACCAGTTAGCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCGTGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCATGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCtt < 2:158254/250‑1 (MQ=255) cAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGTGGGTGGGATATCCttt > 2:62194/1‑249 (MQ=255) gACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGGAAAATACTTTT‑GTTGAAGGa > 1:544215/1‑250 (MQ=255) cccTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGAtt < 2:647308/250‑1 (MQ=255) 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cagGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTAAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGAAATGCACCCGCTCACACTGAG‑GACCGTAGGTTTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAAt < 1:478723/250‑1 (MQ=255) cggcttcTTTCTCGGCGGGCGGCTAAAGCATCCTTCT‑GTCGAAGCACGGGCTCTCGACGAACCACTTCATCCGCGCCGGGTGAT‑GACCTCGGGTTTTTATGGAAAGGCTTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCACCCCCCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATAc < 2:322765/244‑1 (MQ=255) ttATTGGCTGTGGGCGAATATTTCCTTAG‑GTCAAAGTATTGCGTTCCGGCGAAGCTCTGCACCCGCTCACCATGAG‑GCCGATGGTTGTTTATGGCAGGGCTTATCCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGttttt < 2:316812/249‑1 (MQ=255) ttATCGGGGGTGGGCTAAAATATCTTTAG‑TGCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGCAGGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGttttt < 1:317532/249‑1 (MQ=255) gcgggggGGGGTTGAAATATCCTTAT‑GCCGAAGGATTGCGTCCCGACGAAGCAAGCCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTTTTTATGGAAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACg < 2:87116/248‑1 (MQ=255) ccgggggTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGAAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACg < 1:382832/248‑1 (MQ=255) cggcggTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGc > 1:183182/1‑249 (MQ=255) cggTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAAc > 1:288407/1‑250 (MQ=255) ggCTAAAATACCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGGCTCGAAAAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAG‑GCCCGTAGGTGTTTATGGAAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTaa < 1:739463/250‑1 (MQ=255) | GCGAAGTGGCAAAACCATTGACCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTT‑TCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAATATCCTTAT‑GTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAT‑GACCGTAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAAT‑ATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAA > NZ_CP009273/2033311‑2033803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |