Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,199,805 | 0 | C | A | 40.0% | 82.4 / 20.5 | 71 | intergenic (‑190/‑17) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/27); new base A (17/11); total (32/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAA‑TTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGC‑TAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCG‑AATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGC‑TAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGA > NZ_CP009273/3199560‑3200050 | tgAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAA‑TTTTTCCAGACAAATACaa < 2:490230/248‑1 (MQ=255) 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TGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAA‑TTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGC‑TAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCG‑AATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGC‑TAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGA > NZ_CP009273/3199560‑3200050 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |