| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 748,581 | 0 | T | A | 38.9% | 111.1 / 32.4 | 72 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | fimbrial protein/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/8); new base A (0/28); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTC‑ATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTG‑TGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACCA > NZ_CP009273/748333‑748827 | cTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTC‑ATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAATTATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTG‑TGTTTAGGCatat > 2:58651/1‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |