Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,133,642 | Δ1 bp | coding (1452/1854 nt) | asmA ← | outer membrane assembly protein AsmA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,133,642 | 0 | A | . | 93.8% | 272.1 / 5.3 | 64 | coding (1452/1854 nt) | asmA | outer membrane assembly protein AsmA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (46/14); minor base C (0/4); total (46/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTCAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGT > NZ_CP009273/2133397‑2133882 | tAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGc < 1:734774/250‑1 (MQ=255) aCCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCtt < 2:336358/250‑1 (MQ=255) ccGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTca < 1:891054/250‑1 (MQ=255) ccGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTca > 1:19061/1‑250 (MQ=255) ccGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTca < 2:916630/250‑1 (MQ=255) gCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTcaca < 1:480242/250‑1 (MQ=255) tGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCAt > 1:528236/1‑250 (MQ=255) cGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTAc > 1:421418/1‑250 (MQ=255) ctttcAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGctc > 2:53986/1‑249 (MQ=255) tcAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTAcc > 1:528184/1‑250 (MQ=255) atcaatcaGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCt > 1:37329/1‑250 (MQ=255) aatcaGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGaa > 2:548328/1‑250 (MQ=255) atcaGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAat > 2:791769/1‑250 (MQ=255) cTTTCCCCTTCCCAGCCCCCCCCGCCCCGAATATCAACCGGGGTGTCGAAGTTTTGATCTGCCAGATTCAACATCCCTCCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGT‑TTGCCCTTGCATGTCTTTAAACGTCCCGCCGCCATCCTTCAACGTAAAATCGGTGTTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACTTTATAAAATTTTTC‑GCGCCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATctgctg < 1:207579/250‑1 (MQ=255) tttCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATctgctg > 1:364244/1‑249 (MQ=255) ccccGTCCCAGCCACCCACGACCCGAATAACAAGCTGGGTGTCGCAGTTTGGATCTGCCAGTTTCAACATGCTTCCCCCGGCAAGCCCAAGCAAGGGATA‑TTGACTTTGAATGTCTTTAACCGTCACGCCCCCCTCCTACAACGTAAAATGGGTGGAAAAGCGGTAAAGCCGCGTCACTTTATCAATGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAg < 2:66532/250‑1 (MQ=255) ccAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATcc > 1:383575/1‑250 (MQ=255) ccacGACCCGAATATCAAACGGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAATTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATg < 1:41167/250‑1 (MQ=255) cacGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATgc > 2:580958/1‑250 (MQ=255) acaaaccTGGGTGTCCCGGTTTTGCTCGGCCAGATTCAACTTCCCTTCCCCTGCCCGCCCCAGCACAGGCGA‑TTGCCCTTGCATTTCTTTTAACGTCACGCCCCCACCCTTCAACTTAAAAGCGGTGGAAAGGCGGCCACGCCGCGTCACTTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTCCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCa < 2:40262/244‑1 (MQ=255) aaaCTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAttt > 2:513302/1‑250 (MQ=255) aaaCTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAttt > 2:933721/1‑250 (MQ=255) ggTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc > 2:896953/1‑250 (MQ=255) tGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTg > 1:190879/1‑250 (MQ=255) aGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTtgtg > 2:711727/1‑250 (MQ=255) ttCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCg > 1:739639/1‑250 (MQ=255) ttCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCg > 2:446304/1‑250 (MQ=255) ttCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCg > 1:62662/1‑250 (MQ=255) cAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCCGTTGTGGCgg > 2:819003/1‑249 (MQ=255) cAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg > 1:452707/1‑249 (MQ=255) cAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg > 1:153977/1‑249 (MQ=255) aaaCACGCTTCCCCCTGCCGGCCCCAGCGCAGGCGA‑TTGCCCTTACATGTCGTTAAACGCCCCGACCCCATCCTTCAACGACAAATGGGTGGTAAAGCGTCCAGGCCGCGCCACTTTATAAAAG‑TTTCCGCGGCCTTCAAATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 2:877952/248‑1 (MQ=255) aaCATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGaa > 2:732776/1‑250 (MQ=255) cATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATg > 1:627675/1‑250 (MQ=255) ccTCCCCCTGCCAGCGCCA‑CCCAGGGGATTTGACCTGGCATGTCTTTTACCGACACGACGCCATCCTCCAACGTAAATTCGGGGGAAAGGCGTTCAAGCCGCGTCCCTTTATCAAATTTTTC‑GCGCCCTTCACATCCCCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTc < 2:409491/250‑1 (MQ=255) cccAGCACAGGCTA‑TTGCCCTTGCATGTCGTTTACCGTCCCGCCGCCACCCTCCACCGACAAAGCGGTGGAAAGGCGGTCACGCCGCGTCCCTTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGc < 1:18101/249‑1 (MQ=255) ccAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCa > 1:941951/1‑250 (MQ=255) 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taaccgccACGACCCCCCCCTTCAACGTAAAATCGGTGGTAAAGCGGTAAAGCCGCTTCACTTTATCAAATTTTTC‑GCGGCCTTCACATCCCCGCCATCACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACAttt < 2:866521/241‑1 (MQ=255) tAACGTCACGCCGCCATCCTTCAACGTCAAATGGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACTTTATCAAAG‑TTTCCGCGGCTTTCCAATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACAttttt < 1:848829/249‑1 (MQ=255) cgacgCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTTCGGTCAAc > 1:632712/1‑250 (MQ=255) 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ccTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGa > 1:546581/1‑250 (MQ=255) cTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGa > 1:521136/1‑249 (MQ=255) cTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGa > 1:352313/1‑249 (MQ=255) aaCGTAAAAGCGGTTGAAAAGCGGACAAGCCGCGTCACGTTATCAATGTTTTC‑GGGGCCTTCACCTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGt < 1:568128/249‑1 (MQ=255) cGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTa > 1:885607/1‑249 (MQ=255) tCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAAc > 1:629076/1‑250 (MQ=255) tCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAAc > 1:17219/1‑250 (MQ=255) tggtAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCCGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAg > 2:1920/1‑249 (MQ=255) ggTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTAcc > 1:286396/1‑249 (MQ=255) tCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAAt > 1:764744/1‑250 (MQ=255) aaGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAAtct > 1:708848/1‑250 (MQ=255) aGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCCGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAAtct > 2:500272/1‑249 (MQ=255) cgcgTCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCCGAATGGTACCAATTTCAAc > 2:458592/1‑250 (MQ=255) tCACGTTATCAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCCGTCAACGAAATCGGATAGTTAAAAGCCCTCAGAATGGGACCAAACTCAACGttt > 2:830308/1‑250 (MQ=255) cAAAGTTTTC‑GCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGGCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGGTAAACGCCTTCAGAATGGGACCAATCTCAACGTTTTTCAGCCGt > 2:200770/1‑250 (MQ=255) | TAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGA‑TTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTCAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGT > NZ_CP009273/2133397‑2133882 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |