New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NZ_CP009273 | 1089701 = | NA (NA) | 104 (1.010) | 91/496 | 0.2 | 100% | intergenic (+11/+30) | dgcT/BW25113_RS05345 | GGDEF domain‑containing protein/IS3‑like element IS3 family transposase |
? | NZ_CP009273 | = 3800851 | 0 (0.000) | coding (644/1071 nt) | rfaQ | lipopolysaccharide core heptosyltransferase RfaQ |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GGACGCCAGAATACGTGATCCGTTGCACCAAATAGACTAATGACTGGCGTTTTCACTGCCGCTGCAATATGTCCCGGCGCAGAATCCACACCAATAAAAAGCACTGCATGATCAATTAATGCACCCAGTTCAGGAAAACGTGTTTTACCTGCAAGGCCAGTAATGGGTTTTGTTTCGCAACCTCGTGCAATCTCATCTACACAAGCGAGATCATCTGCCGAGGGCCCACAGGTTAGCACAACCTGATAGCCTCGCTGTTGCAGCGCATCGATAACCTTAGAAAATTTATCGTTATCCCAACACTTAAATATCTGACGCGCTGTCGGTTGGATGACAACATAATGATCTTTTACGCCCAGGGCATCTAATTCCCGGCGCATCTTCTTCCAGCAATCTTCGGCGTAACTCATTGTTGTGTCGGTGTAGAAATCGGTAATACCTAATGGCTCAAGGACCGATAAATTACGCTCAACAATATGTGTACCGTGTATTGGCG > NZ_CP009273/3800602‑3801097 | cagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGcc > 2:871813‑M2/247‑250 (MQ=255) aCGCCAGAATACGTGATCCGTTGCACCAAATAGACTAATGACTGGCGTTTTCACTGCCGCTGCAATATGTCCCGGCGCAGAATCCACACCAATAAAAAGCACTGCATGATCAATTAATGCACCCAGTTCAGGAAAACGTGTTTTACCTGCAAGGCCAGTAATGGGTTTTGTTTCGCAACCTCGTGCAATCTCATCTACACAAGCGAGATCATCTGCCGAGGGCCCACAGGTTAGCACAACCTGATAGCtg > 2:829533‑M2/1‑248 (MQ=255) gCCAGAATACGTGATCCGTTGCACCAAATAGACTAATGACTGGCGTTTTCACTGCCGCTGCAATATGTCCCGGCGCAGAATCCACACCAATAAAAAGCACTGCATGATCAATTAATGCACCCAGTTCAGGAAAACGTGTTTTACCTGCAAGGCCAGTAATGGGTTTTGTTTCGCAACCTCGTGCAATCTCATCTACACAAGCGAGATCATCTGCCGAGGGCCCACAGGTTAGCACAACCTGATAGCtgat < 2:374823‑M2/250‑5 (MQ=255) aTACGTGATCCGTTGCACCAAATAGACTAATGACTGGCGTTTTCACTGCCGCTGCAATATGTCCCGGCGCAGAATCCACACCAATAAAAAGCACTGCATGATCAATTAATGCACCCAGTTCAGGAAAACGTGTTTTACCTGCAAGGCCAGTAATGGGTTTTGTTTCGCAACCTCGTGCAATCTCATCTACACAAGCGAGATCATCTGCCGAGGGCCCACAGGTTAGCACAACCTGATAGCtgatcctacc < 2:27418‑M2/250‑11 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |