| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NZ_CP009273 | 3800849 = | 1 (0.010) | coding (646/1071 nt) | rfaQ | lipopolysaccharide core heptosyltransferase RfaQ | |||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GGACGCCAGAATACGTGATCCGTTGCACCAAATAGACTAATGACTGGCGTTTTCACTGCCGCTGCAATATGTCCCGGCGCAGAATCCACACCAATAAAAAGCACTGCATGATCAATTAATGCACCCAGTTCAGGAAAACGTGTTTTACCTGCAAGGCCAGTAATGGGTTTTGTTTCGCAACCTCGTGCAATCTCATCTACACAAGCGAGATCATCTGCCGAGGGCCCACAGGTTAGCACAACCTGATAGCCTCGCTGTTGCAGCGCATCGATAACCTTAGAAAATTTATCGTTATCCCAACACTTAAATATCTGACGCGCTGTCGGTTGGATGACAACATAATGATCTTTTACGCCCAGGGCATCTAATTCCCGGCGCATCTTCTTCCAGCAATCTTCGGCGTAACTCATTGTTGTGTCGGTGTAGAAATCGGTAATACCTAATGGCTCAAGGACCGATAAATTACGCTCAACAATATGTGTACCGTGTATTGGCG > NZ_CP009273/3800602‑3801097 | cagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGcc > 2:871813‑M2/247‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |