| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 38.0% | 134.6 / 13.6 | 71 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/6); new base C (1/26); total (39/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995154‑1995648 | cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAc‑cccg < 1:870879/250‑2 (MQ=255)cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑cccc > 2:263319/1‑250 (MQ=255)cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑cccc < 1:591437/250‑1 (MQ=255) tCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCgg > 2:810169/1‑250 (MQ=255) ggaaGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGTGGGGAAGCACGtt < 2:719545/247‑1 (MQ=255) cAGGCGCAATGCTTCGTGCCGCACCAGCGGAACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGc < 1:523521/250‑1 (MQ=255) cAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGc > 2:367907/1‑250 (MQ=255) gcAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc > 2:947647/1‑249 (MQ=255) aaTGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGATTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa < 1:943283/250‑1 (MQ=255) tGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 1:858941/1‑249 (MQ=255) 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gtttttttGGGGT‑TAAAAGAAAAATCCC‑AGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAgaga < 2:823864/245‑1 (MQ=37) tATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAgaga > 2:941171/1‑247 (MQ=255) aTTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAg > 1:884402/1‑249 (MQ=255) 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ttACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCtgctgc > 1:548279/1‑250 (MQ=255) aaaTTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTg > 2:964714/1‑250 (MQ=255) aTTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGt > 2:890465/1‑250 (MQ=255) 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CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCAC‑GATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGG‑TTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995154‑1995648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |