| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,380,341 | 0 | G | A | 38.2% | 92.1 / 51.2 | 68 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | M28 family metallopeptidase/YfbM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/37); new base A (26/0); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGA‑TGC‑GAAACATG‑AAA‑TTCAACGGAGG‑AAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTT > NZ_CP009273/2380109‑2380588 | cccAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCAGAAAAAACGACATGCAC‑atttttt > 1:889181/1‑248 (MQ=255) ccgggttttATTCCCGTTATTGTTTTCTCTGCCCCCCTAATTTATGGGCAACACAATATCCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑attttatt < 1:704368/244‑1 (MQ=255) cccGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAACGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTTCTCATCTg > 1:825690/1‑250 (MQ=255) aaccaccTATATTATTGGCAACAATATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGA‑TGC‑GAAACAt < 2:264409/249‑1 (MQ=255) cttGAATTATTGGCAACACAATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGA‑TGC‑GAAACATG‑AAA‑t < 1:313712/248‑1 (MQ=255) cacGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTCTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGA‑TGC‑GAAACATG‑AAA‑TTCAACGGAGG‑AAaaat < 1:340065/250‑1 (MQ=255) gATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCAGAAAAAACGAAAATCAC‑AATTTTTTTTTCCTTCTCTGTTTTTAGATTGG‑AAAAAATA‑AAA‑TTCAACGGGGG‑aaaaaaa > 2:368243/1‑247 (MQ=255) 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CCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGA‑TGC‑GAAACATG‑AAA‑TTCAACGGAGG‑AAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTT > NZ_CP009273/2380109‑2380588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |