| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,861,959 | 0 | T | A | 38.2% | 105.6 / 33.9 | 68 | F265L (TTT→TTA) | yeaG | protein kinase YeaG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/14); new base A (0/26); total (28/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCTGCATGAATTTGGTGGCGATATCACTAAGTTCCGGGTAGTGAAGGTCTGGCCGTCAATTCTGCAACAAATTGCTATCGCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGA‑GATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAA‑CCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACTCGAACGAGTCCGAATGGGTCACTTTCCGTAATAACAAAAACAACGAAGCCTTCCTCGATCGTGTTTACATCGTGAAGGTGCCGTATTGCTTGCGCATTTCCGAAGAGATCAAAATCTACGAGAAATTGCTTAATCA > NZ_CP009273/1861712‑1862207 | gCCTGCATGAATTTGGTGGCGATATCACTAAGTTCCGGGTAGTGAAGGTCTGGCCGTCAATTCTGCAACAAATTGCTATCGCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGA‑GATGTTTa > 2:872039/1‑249 (MQ=255) aTGAATTTGGTGGCGATATCACTAAGTTCCGGGTAGTGAAGGTCTGGCCGTCAATTCTGCAACAAATTGCTATCGCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGA‑GATGTTTAAAGCAcc > 1:272806/1‑250 (MQ=255) aTTTGGTGGCGATATCACTAAGTTCCGGGTAGTGAAGGTCTGGCCGTCAATTCTGCAACAAATTGCTATCGCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGA‑GATGTTTAAAGCACCGAt > 1:415260/1‑249 (MQ=255) gCGATATCACTAAGTTCCGGGTAGTGAAGGTCTGGCCGTCAATTCTGCAACAAATTGCTATCGCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGA‑GATGTTTAAAGCACCGATTAAAGtgct < 2:342252/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |