Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,380,341 | 0 | G | A | 42.2% | 65.6 / 56.6 | 64 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | M28 family metallopeptidase/YfbM family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/35); new base A (27/0); total (29/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTATGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GT‑CCAGAAAAAGCGACATG‑CACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATG‑C‑G‑AAACATGAAA‑T‑TC‑AACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTG‑AAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTT > NZ_CP009273/2380099‑2380587 | cTATGAACCCCCGAGGTTTTATTCCCGGTTTTGTTTTCTCTGCCCACCTAATTTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GT‑CCAGAAAAAGCGACAt < 1:17747/249‑1 (MQ=255) taaaTCCCCCAGGTTTTATCCCCGGTATTGTTTTCTCTGACCACCTAAATTATTGGAAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GT‑CCAGAAAAAGCGACATG‑ca < 1:140654/247‑1 (MQ=255) tGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GG‑TCAGAAAAAAGGACAAG‑ca > 1:575610/1‑249 (MQ=255) aaTACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGTGT‑CTACAAAAAggaaaatcacat > 2:825780/1‑239 (MQ=255) 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tATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑TTGTCAGAAAAAAAAACATT‑AAAATTATATTTTcctt > 2:162224/1‑247 (MQ=255) tttcccttttttGTTTTCTCTGACTACTTTAATTACTGCAAAACCAATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GT‑CCAGAAAAAGCGACATG‑CACATTTTATTTTCCCTCa < 2:6639/239‑1 (MQ=255) cGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGG‑GT‑CCCAAAAAAAAGACAAG‑CACATTTTTTTTTTCCTCCTCtttt > 1:735251/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |