Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,277,638 | 0 | G | A | 38.2% | 100.1 / 29.2 | 68 | intergenic (‑339/‑54) | acs/nrfA | acetate‑‑CoA ligase/ammonia‑forming nitrite reductase cytochrome c552 subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/9); new base A (0/26); total (33/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCG > NZ_CP009273/4277390‑4277885 | gATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGa < 2:869906/250‑1 (MQ=255) aTCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGaa < 1:298702/250‑1 (MQ=255) tCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGaa > 1:197911/1‑249 (MQ=255) aCGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGaaaaa > 2:45111/1‑250 (MQ=255) gCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACa < 1:557216/250‑1 (MQ=255) aaaaGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACaa > 2:392723/1‑249 (MQ=255) aaaGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAAt > 2:144811/1‑249 (MQ=255) aaGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATaa < 2:647977/250‑1 (MQ=255) gTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATaaa > 1:376700/1‑249 (MQ=255) tAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATaaaaa > 1:304654/1‑250 (MQ=255) gAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑c < 2:600713/249‑1 (MQ=255) tgtgCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCa > 1:638526/1‑250 (MQ=255) tAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGcaac > 2:117268/1‑249 (MQ=255) aaaCGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCATTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCCCTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGcaacaa < 1:584292/250‑1 (MQ=255) aaCGGCAGGTTATTTTTTAAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTTTTTGAGGAACATGCATTTATGCATGTT‑TTTAAAAAAGAGGAAGATATTGACAAACTCAAAAGTTGTTTTTTACATTCATTTACAATTGATTAAAGACAACTTTCACAGTTTGTTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGAAATTTCATGACAGTTTA‑GGTGCGTTTACTGTCTTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAAt < 2:822677/250‑1 (MQ=255) gCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAAAAAAAGTTGATTAATTTTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTCCTGTGGGAAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGgcg < 2:41080/250‑1 (MQ=255) gggTAATTTTTGAAGGTCAGCAAAAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATGGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGTTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCaa < 1:611647/250‑1 (MQ=255) gggTAATTTTTGAAGGACAGAAAAAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGAAAGAAACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACGGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCaa < 2:673443/250‑1 (MQ=255) gTAATTTTTGAAGGTAAGAAAAAAAATTTGATTAATTCTTGGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTAAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCAAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATAAAAGAAAACATCCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGAAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTAAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAAtt < 1:383868/250‑1 (MQ=255) tttttGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGa > 2:734102/1‑250 (MQ=255) tttGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGAt > 2:171129/1‑249 (MQ=255) ttGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATg > 1:773047/1‑249 (MQ=255) aGCAAAAAAATGTGATTAATTCTTTGAGAAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTAAAAAAGAGGAAGATACTGAAAAACTCAAATGTGGTATTTTACATGCCCTTAAAATTTATAAAAGCAACCATTCACGGGGTGGTTTTTTGTTACCAATAGGGGCGAGCAATGTAATGACAGTGTA‑GGTGCGTTTACTGTCGTAAAAAAAAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTAt < 2:529413/250‑1 (MQ=255) aGCAAAAAAAGTTAATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGTTTTTTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTAATGACAGGGTG‑GGTGCGTTTCCTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTAt < 2:184052/250‑1 (MQ=255) aaaaGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAg > 1:249565/1‑250 (MQ=255) aTTTTTTGAGGAACATGTAGTTATG‑ATGGTGGTTAAAAAAGAGGAAGATACTGAATAACTCAAAGGTGTTATTTTACATGCTCTTACAATTGATAAAAGAAAACATTCACATTGTGGTTATTTGTAACAAATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGGGGTTACTGTCGGAAAAAAAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATaaa < 2:794868/250‑1 (MQ=255) aTTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTAAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCAAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATaaa < 1:629940/250‑1 (MQ=255) aTTCTTTAAGGAACAGGCAGTTATGCATGTT‑GTTGAAAAAGAGGAAAATCCTGACTAACTCTAAAGTGGTTTTTTACATGCACTTAAAATTGATAAAAGACAACATTCCAATTTTGTTTATTTGTTACAAATAGGGGCGAGAAATTTCATGCCGGTTTA‑GGTGCGGTTACTGGCGTGAAAACCAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATaa < 1:181985/249‑1 (MQ=255) ttCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAac > 1:773957/1‑250 (MQ=255) gAGGAACATGCATTTATGCATGCT‑TTTAAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTAAAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGTTTATTTTTTACACATAGGGGCGAACAATGTCATGACAGTGTG‑GGGGCGTTTACTGTCGAAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAacgcacg < 2:56491/249‑1 (MQ=255) aTGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCt > 2:908245/1‑250 (MQ=255) tgcagtctgtaaaaaaaGAGAAAAATACTGATTAACTAAAATGGGGTATTTTACATGCTCTAACAATTAATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTTTTTTTTACACATGGGGGCGAAAAATGTAATGACGGTGTG‑GGTGCGTTTACTGTCGTAAAAAAAAAAAAAAC‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTAt < 2:491082/238‑1 (MQ=255) tgcT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGAt > 1:629528/1‑250 (MQ=255) aaaaGAGGAAGATACTAACTAACTCTAAAGTGGTTTTTTACATGCACTTAAATTTAATAAAACACACAATCCACAGGGTGTTTTTTTGTTACAAAAGGGGGCGAGAAATGTCAGAACAGTGTG‑GGGGCGTTTTCTTTATAAAAAAAAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCtttttt < 2:802268/250‑1 (MQ=255) gagaAAGATACTGACTAACTCAAAAGTGGTATTTTACATGCATTTAAAATTAATAAAAGAAAACATCCACAGTGGGTTTTTTTTTAACACAAGGGGGCGAGAATTTCCATGAAAGTGGA‑GGTGCGGTTACTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTtttttcttt < 1:488149/250‑1 (MQ=255) ggAAGATACTGACAAACTTAAAAGTGTTATTTTACATGCATTTACAATTGATAAAAAACAACATCCCCAGGGTGTTTTTTTTTTACAAAGGGGGGAGAGCAATGTAATGACAGTGTA‑GGTGCGTTTACTGTCGTAAAAAAAAAAAAAAC‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTtttttcttttt < 2:156216/250‑1 (MQ=255) aaaCTCAAAAGTGTTATTTAAATTGCATTAACAATTAATAAAAAACAACTTACACGGTGTGTTTTTTTGTTACACAAGGGGGGAAGAAATTTCAGGA‑AGGGTAGGGGGCGTTAACTGT‑GTAAAAAAAAAAAAAAACCCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCAc < 2:435190/249‑1 (MQ=255) ctcaAAAGGGTTTTTTTAAATGAATTTAAAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGTTTTTTTTTTACACATGGGGGCGAGAAATGTAATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTAAAAAAAAAAAAAAC‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCt < 1:656708/250‑1 (MQ=255) aaGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAAc > 1:831995/1‑249 (MQ=255) aGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACa > 2:211810/1‑249 (MQ=255) aTTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGgct > 1:193007/1‑250 (MQ=255) ttACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGTTTATTTGTTACACATAGGGGAGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CAGCCCTTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCACCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACTCTGAACAAACGgctgct > 2:39501/1‑250 (MQ=255) caggcattaaaaaTTGATTAAAGAAAACATTCACGGTGTGGTTTTTTTTTACAAAGAGGGGCGAGAAATTTCATGACGGGGTG‑GGTGGGTTAACTGTGGTAAAAAAAAAAAAAAC‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTccc < 2:628479/239‑1 (MQ=255) cATGCACTTACAATTGATAAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATGGGGGCGAGAAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGTTTACTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTccc < 1:182583/250‑1 (MQ=255) cACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCa > 1:400132/1‑249 (MQ=255) ataaaaaaaaacaTTCAAAGTGTGGTTTTTTGTTACAAATGGGGGCGAAAAATTTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTAAAAAAAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACtg < 1:669960/241‑1 (MQ=255) ataaaaaACAACATTCCGAGTGTGTTTTTTTTTTACACATGGGGCCAAGAAATGTCATGACTGTTTG‑GGTGCGGTTACTTTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGCATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACt < 2:306536/246‑1 (MQ=255) aaGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTgg > 1:810616/1‑249 (MQ=255) cacaGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCACAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAAt > 2:350530/1‑249 (MQ=255) aGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGaaa > 1:896677/1‑250 (MQ=255) tgtgTTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGTTTACTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAAcc < 1:272823/250‑1 (MQ=255) tgtgGTTATTTGTTACACGTGGGGGCGAGCATGGTAATGCCAGTGGA‑GGGGCGGTTACTGTCGAAAAAAAAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAAcc < 2:700332/250‑1 (MQ=255) tgtgGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAAcc > 2:242841/1‑250 (MQ=255) tgtttttttGTTACACATGGGGGAGAGAAATGTAATGACAGTGTG‑GGTGGGTTTACTGCCGTAAAAAAAAAAAAAAC‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCt < 1:471541/243‑1 (MQ=255) tgGTTTTTTGTTACACATGGGGGGGAGAAATGTCATGACAGTGTA‑GGGGCGTTTACTGTCGAAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCt < 2:148138/249‑1 (MQ=255) caTAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATcc > 1:883608/1‑250 (MQ=255) aTAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATccc > 1:658189/1‑250 (MQ=255) gggggCGAGAAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGGGTTTACTGTCGTAAAAAACAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGa < 1:144811/249‑1 (MQ=255) gagaaaaaTGTAAGGAGAGTGTA‑GGTGCGGTTCCTGTGGAAAAAAAAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCaa < 2:403046/244‑1 (MQ=255) gCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCaa > 2:506900/1‑250 (MQ=255) cGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCaa > 1:69519/1‑249 (MQ=255) aGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAatat > 1:151818/1‑250 (MQ=255) cAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATAtct > 1:532013/1‑250 (MQ=255) tagtgccggtggA‑GGTGCGTTTACTGTGGAAAAAACAAAAAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCt < 2:393991/242‑1 (MQ=255) acggtgtA‑GGGGGGGTACCTGTCGTAAAAAAAAAAAAAAG‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGaaa < 1:503119/247‑1 (MQ=255) gTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGaa > 2:366619/1‑248 (MQ=255) aCTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGt > 1:540629/1‑249 (MQ=255) gTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCg > 1:349094/1‑250 (MQ=255) | GATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT‑GTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATAGGGGCGAGCAATGTCATGACAGTGTA‑GGTGCGGTTACTGTCGTGAAAAACAATAAAAA‑CCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCG > NZ_CP009273/4277390‑4277885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |