| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,055,094 | (T)9→8 | pseudogene (2758/2771 nt) | FTN78_chr1091 ← | Endo‑beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,055,086 | 0 | T | . | 94.4% | 2065.2 / 98.4 | 428 | pseudogene (2766/2771 nt) | FTN78_chr1091 | Endo‑beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/0); new base . (232/172); total (256/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 461 total aligned reads displayed.
AAAGAATTCTTCTAGTGCTTTTCCAATCATTTTTCTATAACTTTCTAACATTTATTACTTCATTATAACACTTTTCCAATGAAATGTTAGGGTTTTCATGATAGCCTTTTCTTTGCTTTTATGGCAACCTTTTACAGCCCTTTGTCAGCTTTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTCTTAACG > CP043523/1054937‑1055231 | aaaGAATTCTTCTAGTGCTTTTCCAATCATTTTTCTATAACTTTCTAACATTTATTACTTCATTATAACACTTTTCCAATGAAATGTTAGGGTTTTCATGATATCCTTTTCTTTGCTTTTATGGCATTCTTTTACATCCCTTTGTCAGCt > 2:1489983/1‑150 (MQ=255)aaaGAATTCTTCTAGTGCTTTTCCAATCATTTTTCTATAACTTTCTAACATTTATTACTTCATTATAACACTTTTCCAATGAAATGTTAGGGTTTTCATGATAGCCTTTTCTTTGCTTTTATGGCAACCTTTTACAGCCCTTTGTCAGCt < 2:116087/150‑1 (MQ=255) aaGAATTCTTCTAGTGCTTTTCCAATCATTTTTCTATAACTTTCTAACATTTATTACTTCATTATAACACTTTTCCAATGAAATGTTAGGGTTTTCATGATAGCCTTTTCTTTGCTTTTATGGCAACCTTTTACAGCCCTTTGTCAGCtt < 2:2834144/150‑1 (MQ=255) 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ggCAACCTTTTACAGCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTtc < 1:3802768/150‑1 (MQ=255) aaCCTTTTACAGCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTcc > 1:1848715/1‑150 (MQ=255) tttACAGCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAatt < 1:3336733/150‑1 (MQ=255) tttACAGCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAatt < 2:176286/150‑1 (MQ=255) aCAGCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAatttat > 2:2131301/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTTTGTCAGCTTTTTTTTT‑TTTTAATTCTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAatttatt > 2:2485358/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTAtttt > 2:510398/1‑150 (MQ=255) ccTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTc > 1:27506/1‑150 (MQ=255) ccTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTc > 1:4181664/1‑150 (MQ=255) cTTTGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTCt < 1:2125246/150‑1 (MQ=255) tGTCAGC‑TTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTCTTaa > 1:177/1‑150 (MQ=255) gTCAGCTTTTTTTTT‑TTCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTCTTAAc > 2:3344698/1‑150 (MQ=255) | AAAGAATTCTTCTAGTGCTTTTCCAATCATTTTTCTATAACTTTCTAACATTTATTACTTCATTATAACACTTTTCCAATGAAATGTTAGGGTTTTCATGATAGCCTTTTCTTTGCTTTTATGGCAACCTTTTACAGCCCTTTGTCAGCTTTTTTTTTGTCCTAATACTTGTATTTCATATAAACGAACAGCGGTATCTGCTCCTTGTGTTGGTTTAGTGGCTGTGATTCTAACGTAACGCGCTTCTGTCTGTTTGAAAGAATCTTTGGTTTCTCCCAATTTATTTTTCTTAACG > CP043523/1054937‑1055231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |