New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP043523 | = 1861875 | 2880 (5.990) | 721 (1.490) +TTGTTTGCCTT |
156/252 | 1.9 | 33.2% | coding (25/681 nt) | FTN78_chr1909 | Mobile element protein |
? | CP043523 | 1866284 = | 0 (0.000) | intergenic (‑227/+105) | FTN78_chr1912/FTN78_chr1913 | Mobile element protein/hypothetical protein |
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
GCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCACCTCTGGCGAAGAATAGAAAATTAAAAAGCCTTTTAGGCTTTTTTATAAACGCTCGAAGAGCGTTTCTTCTTATCTTGATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACAAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCATAT > CP043523/1866135‑1866384 | gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttatttcacgatcatataacaattactgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt < 2:339713‑M2/1‑1 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgagcttcccgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt > 2:2705957‑M2/150‑150 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcccgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt < 2:3243549‑M2/1‑1 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaactgcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt < 2:4514449‑M2/1‑1 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt < 2:935345‑M2/1‑1 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt > 2:546293‑M2/150‑150 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt < 2:3128674‑M2/1‑1 (MQ=255) gtactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttt > 2:1994391‑M2/150‑150 (MQ=255) tactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgcctttt > 2:1798178‑M2/149‑150 (MQ=255) tactcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgcctttn < 2:3879396‑M2/2‑2 (MQ=255) nctcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttg > 2:1502026‑M2/148‑150 (MQ=255) actcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttg > 1:1826143‑M2/148‑150 (MQ=255) actcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttg > 1:3548375‑M2/148‑150 (MQ=255) actcttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttg < 2:3258428‑M2/3‑1 (MQ=255) cttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttgttt < 2:1978060‑M2/6‑1 (MQ=255) ttgcacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttgtttg > 2:1311879‑M2/144‑150 (MQ=255) cacccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttgtttgcct < 2:2740030‑M2/10‑1 (MQ=255) acccaacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttttgtttgcctt > 1:1783617‑M2/140‑150 (MQ=255) caacgataaatcgtagtatgacaaacatttattccacgatcatataacaattcctgaacttcacgatagcttagattgtaacgcaggtagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttTTGTTTGCCTTTaa > 2:2081169‑M2/137‑150 (MQ=255) 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tagtaaccaacagcgacaataatgacgtcttttttgaattgtttgccttTTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCCGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACTAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACagaacccttg < 1:2504714‑M2/101‑5 (MQ=255) | GCGTTTTTTCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCACCTCTGGCGAAGAATAGAAAATTAAAAAGCCTTTTAGGCTTTTTTATAAACGCTCGAAGAGCGTTTCTTCTTATCTTGATTGTTTGCCTTTAAAATGATTCATTACTCTGTCCTCTCTGTCTTTTTTCTCAATTTTACACAAAAATAGATTTTTTGGAAAACTTTGCAACAGAACCATAT > CP043523/1866135‑1866384 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |