Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,891,184 | 0 | G | A | 63.2% | 132.4 / inf | 511 | T16I (ACA→ATA) | FTN78_chr1940 | Mobile element protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/93); new base A (126/197); total (221/290) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 538 total aligned reads displayed.
ATTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGATAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGGTTAAGATTAGGATAGCACGACTTATTTATTTTCCAATGAAATTAACTAGCAATTCGGGTAAAAATATAATGA > CP043523/1891035‑1891333 | gttGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGATATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTg > 2:4131441/2‑150 (MQ=9) tGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATc > 2:4074576/1‑150 (MQ=17) gCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGta < 1:3333932/150‑1 (MQ=12) cTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACAGTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGtaa > 1:4035801/1‑150 (MQ=12) gCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGtaaataa < 1:2613090/150‑1 (MQ=12) gCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGtaaataa > 1:342536/1‑150 (MQ=12) cTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCAACATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGtaaataaa > 1:1649072/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACa > 1:2280509/1‑150 (MQ=12) ttAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACa < 2:1450479/150‑1 (MQ=12) aaGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACaaa < 2:1558586/150‑1 (MQ=12) aGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACaaaa > 1:1533435/1‑150 (MQ=9) gCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACaaaaa < 1:1162980/150‑1 (MQ=2) cGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAAc > 2:3161292/1‑150 (MQ=2) cGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAAc > 2:3317125/1‑150 (MQ=2) aaCAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAg < 1:3810582/150‑1 (MQ=17) aaCAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAg < 2:1414226/150‑1 (MQ=17) cAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTc > 1:4451993/1‑150 (MQ=17) aaGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTATCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCg > 1:2457542/1‑150 (MQ=17) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |